Quy chế này quy định về cơ cấu tổ chức, tiêu chuẩn thành viên và hoạt động của Hội đồng Y khoa Quốc gia (Hội đồng).
Về cơ cấu tổ chức, Chủ tịch Hội đồng là Bộ trưởng Bộ Y tế kiêm nhiệm. Các Phó Chủ tịch Hội đồng phụ trách các lĩnh vực, công việc theo sự phân công của Chủ tịch; có một Phó Chủ tịch thường trực Hội đồng hoạt động chuyên trách giúp Chủ tịch Hội đồng giải quyết các công việc thường xuyên của Hội đồng và những việc khác có liên quan khi được Chủ tịch Hội đồng phân công hoặc ủy quyền. Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm Chủ tịch, các Phó Chủ tịch Hội đồng.
Ủy viên Hội đồng có từ 27 - 29 thành viên do Bộ trưởng Bộ Y tế bổ nhiệm, làm việc theo chế độ kiêm nhiệm gồm: Đại diện của Tổng hội Y học Việt Nam và một số Hội nghề nghiệp chuyên khoa, chuyên ngành khác thuộc lĩnh vực y tế; Đại diện một số cơ sở đào tạo khối ngành sức khỏe; Đại diện một số cơ sở khám bệnh, chữa bệnh; Đại diện của một số Vụ, Cục thuộc Bộ Y tế về đào tạo, khám bệnh, chữa bệnh, pháp chế; một thành viên đại diện Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Thành viên Hội đồng được bổ nhiệm theo nhiệm kỳ 5 năm và có thể được bổ nhiệm lại.
Hội đồng Y khoa Quốc gia hoạt động theo nguyên tắc tập thể, dân chủ, độc lập, công khai, minh bạch khi thực hiện các nhiệm vụ của Hội đồng...
Trước đó, Hội đồng Y khoa Quốc gia được thành lập theo Quyết định số 956/QĐ-TTg ngày 6/7/2020 của Thủ tướng Chính phủ, có nhiệm vụ giúp Thủ tướng Chính phủ chuẩn bị các điều kiện cần thiết cho việc tổ chức đánh giá năng lực hành nghề khám, chữa bệnh theo Nghị quyết số 20/NQ-TW về tăng cường công tác bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe Nhân dân trong tình hình mới để đáp ứng yêu cầu phát triển, nâng cao chất lượng nhân lực y tế.