Cụ thể, Hội đồng Y khoa Quốc gia có chức năng giúp Thủ tướng Chính phủ chuẩn bị các điều kiện cần thiết cho việc đánh giá năng lực hành nghề khám, chữa bệnh theo Nghị quyết số 20/NQ-CP ngày 25/10/2017 của Hội nghị lần thứ sáu Ban Chấp hành Trung ương khóa XII về tăng cường công tác bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe nhân dân trong tình hình mới để đáp ứng yêu cầu phát triển, nâng cao chất lượng nhân lực y tế.
Hội đồng có nhiệm vụ xây dựng chuẩn năng lực nghề nghiệp cho các chức danh hành nghề khám bệnh, chữa bệnh để đơn vị chức năng thuộc Bộ Y tế để trình Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành; tham gia giám sát, đánh giá việc tuân thủ chuẩn năng lực nghề nghiệp của người hành nghề khám bệnh, chữa bệnh sau khi được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp chứng chỉ hành nghề theo đề nghị của cơ quan quản lý nhà nước về y tế và theo quy định của pháp luật.
Bên cạnh đó, Hội đồng cần chuẩn bị các điều kiện cần thiết để tổ chức đánh giá năng lực hành nghề khám bệnh, chữa bệnh theo quy định của pháp luật; xây dựng và thử nghiệm Bộ ngân hàng câu hỏi đánh giá năng lực hành nghề; xây dựng tiêu chuẩn của cơ sở tổ chức đánh giá năng lực hành nghề; xây dựng hệ thống thông tin, dữ liệu quốc gia về đánh giá năng lực hành nghề.
Về cơ cấu tổ chức, Hội đồng gồm có Chủ tịch, các Phó Chủ tịch và Ủy viên là các chuyên gia trong lĩnh vực y tế đạt tiêu chuẩn về uy tín, kinh nghiệm, trình độ chuyên môn phù hợp với chức năng, nhiệm vụ, lĩnh vực chuyên môn của Hội đồng. Trong đó, Chủ tịch Hội đồng là Bộ trưởng Bộ Y tế kiêm nhiệm; có 1 Phó Chủ tịch thường trực Hội đồng hoạt động chuyên trách. Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm Chủ tịch, các Phó Chủ tịch Hội đồng.
Ủy viên Hội đồng có từ 27-29 thành viên, trong đó có đại diện Tổng Hội y học Việt Nam và một số chuyên ngành y tế; một số cơ sở đào tạo khối ngành sức khỏe; một số cơ sở khám bệnh, chữa bệnh, một số vụ, cục thuộc Bộ Y tế về đào tạo, khám bệnh, chữa bệnh, pháp chế; đại diện Bộ Giáo dục và Đào tạo. Ủy viên Hội đồng làm việc theo chế độ kiêm nhiệm. Bộ trưởng Bộ Y tế bổ nhiệm, miễn nhiệm Ủy viên Hội đồng.
Ban chuyên môn của Hội đồng giúp Hội đồng thực hiện các nhiệm vụ theo từng lĩnh vực chuyên môn cụ thể. Thành viên của Ban chuyên môn là thành viên Hội đồng và các chuyên gia đạt tiêu chuẩn về uy tín, kinh nghiệm, trình độ chuyên môn phù hợp với lĩnh vực chuyên môn của mỗi ban, làm việc theo chế độ kiêm nhiệm. Văn phòng Hội đồng giúp việc cho Hội đồng trong việc triển khai các hoạt động hành chính, tổ chức, nhân sự, tài chính thuộc chức năng, nhiệm vụ của Hội đồng.