Theo đó, Bộ Kế hoạch và Đầu tư phối hợp trong việc đăng ký doanh nghiệp, đăng ký thuế theo cơ chế “một cửa liên thông”; phối hợp với cơ quan quản lý thuế trong việc chống chuyển giá đối với các dự án đầu tư làm ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế.
Bộ Công an hỗ trợ kết nối, tiếp nhận thông tin với cơ quan quản lý thuế về hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế theo quy định pháp luật đối với phương tiện giao thông cơ giới đường bộ khi đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng theo quy định của pháp luật; xác định rõ hành vi vi phạm hành chính về thuế trong trường hợp không xử lý vi phạm hình sự theo quy định của pháp luật tố tụng hình sự; cung cấp thông tin đã thu thập trong quá trình điều tra chuyển cơ quan thuế xử lý vi phạm hành chính về thuế theo quy định; điều tra tội phạm thuế và xử lý theo quy định của pháp luật tố tụng hình sự đối với các hồ sơ cơ quan quản lý thuế phát hiện hành vi trốn thuế chuyển sang.
Bộ Thông tin và Truyền thông phối hợp để quản lý thuế đối với hoạt động cung cấp, sử dụng dịch vụ Internet và thông tin trên mạng, trò chơi điện tử trên mạng; kết nối, cung cấp thông tin liên quan với cơ quan quản lý thuế đối với tổ chức, cá nhân trực tiếp tham gia hoặc có liên quan đến việc quản lý, cung cấp, sử dụng dịch vụ Internet, thông tin trên mạng, trò chơi điện tử trên mạng.
Bộ Tài nguyên và Môi trường phối hợp với cơ quan quản lý thuế trong việc quản lý các khoản thu liên quan đến đất đai, tài sản gắn liền với đất và tài nguyên khoáng sản; cung cấp các thông tin về người nộp thuế do cơ quan tài nguyên môi trường quản lý có liên quan đến công tác quản lý thuế theo yêu cầu của cơ quan quản lý thuế.
Bộ Giao thông vận tải cung cấp thông tin liên quan đến quản lý thuế đối với doanh nghiệp, cá nhân hoạt động trong lĩnh vực vận tải hàng hoá, hành khách; kết nối, cung cấp thông tin về tiêu chí kỹ thuật liên quan đến quản lý thu đối với tài sản là phương tiện phải đăng ký quyền sở hữu, quyền sử dụng. Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội cung cấp thông tin với cơ quan quản lý thuế liên quan việc cấp phép cho người lao động nước ngoài làm việc tại Việt Nam và lao động Việt Nam làm việc tại nước ngoài. Bộ Y Tế phối hợp với cơ quan quản lý thuế trong việc kết nối, cung cấp thông tin của các cơ sở kinh doanh dược phẩm, cơ sở khám, chữa bệnh.
Phía Ngân hàng Nhà nước Việt Nam có trách nhiệm xây dựng và phát triển hệ thống thanh toán thương mại điện tử quốc gia, các tiện ích tích hợp thanh toán điện tử để sử dụng rộng rãi cho các mô hình thương mại điện tử; thiết lập cơ chế quản lý, giám sát các giao dịch thanh toán hỗ trợ công tác quản lý thuế đối với hoạt động cung cấp dịch vụ xuyên biên giới trong thương mại điện tử.
Dự thảo Luật Quản lý thuế (sửa đổi) đã quy định nhiệm vụ, quyền hạn cơ quan kiểm toán nhà nước, cơ quan thanh tra nhà nước trong công tác quản lý thuế. Theo đó, cơ quan kiểm toán nhà nước, cơ quan thanh tra nhà nước thực hiện kiểm toán, thanh tra các hoạt động có liên quan đến cơ quan quản lý thuế theo quy định của pháp luật về kiểm toán nhà nước, thanh tra; quy định của pháp luật về quản lý thuế và các quy định của pháp luật có liên quan.