Sau vụ việc, 5 trong số 6 thành viên phi hành đoàn trên chiếc máy bay của lực lượng nói trên vẫn mất tích, mặc dù phi công thoát được ra ngoài và đã được sơ tán khỏi sân bay.
Đài truyền hình NHK phát sóng hình ảnh cho thấy chiếc máy bay Airbus A350 của Japan Airlines đã bốc cháy khi máy bay đang trượt xuống đường băng sau khi hạ cánh.
Theo Japan Airlines, toàn bộ 367 hành khách và 12 thành viên phi hành đoàn trên máy bay chở khách bị bốc cháy đã được sơ tán an toàn.
Người phát ngôn của Japan Airlines cho biết chiếc máy bay của hãng đã xuất phát từ sân bay Shin-Chitose, thuộc tỉnh Hokkaido, miền Bắc Nhật Bản. Lực lượng Bảo vệ bờ biển Nhật Bản cho biết chiếc máy bay của họ liên quan đến vụ va chạm trên đang trên đường tới sân bay Niigata để cứu trợ cho người dân ở Bán đảo Noto thuộc tỉnh Ishikawa vừa hứng chịu động đất hôm 1/1 vừa qua.
Trong khi đó, hãng thông tấn Kyodo dẫn thông báo ban đầu của Japan Airlines cho biết, chiếc máy bay chở khách của hãng có thể va chạm với một máy bay khác trên đường băng hoặc trên đường lăn sau khi hạ cánh.
Ngay sau vụ, sân bay Haneda tạm ngừng hoạt động của tất cả đường băng. Thủ tướng Fumio Kishida đã chỉ thị các cơ quan liên quan cần nhanh chóng phối hợp chặt chẽ để đánh giá mức độ thiệt hại. Bộ Đất đai, Hạ tầng, Giao thông và Du lịch Nhật Bản cũng đang điều tra vụ việc.
Nhật Bản không ghi nhận bất cứ sự cố hàng không nghiêm trọng nào trong hàng chục năm qua. Tai nạn thảm khốc nhất diễn ra năm 1985, khi một máy bay của Japan Airlines rơi ở Gunma, miền Trung Nhật Bản, khiến 520 người trên máy bay thiệt mạng.