Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội, trong khoảng thời gian từ ngày 16/11/2017 đến ngày 5/12/2018, bị cáo Phạm Thị Đoan Trang có hành vi làm, tàng trữ, lưu hành các tài liệu, bài viết có nội dung nhằm chống Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam. Ngoài ra, bị cáo Đoan Trang còn trả lời phỏng vấn trên truyền thông nước ngoài với nội dung xuyên tạc đường lối, chính sách của Nhà nước, phỉ báng chính quyền nhân dân, phao tin bịa đặt gây hoang mang trong nhân dân.
Cụ thể, bị cáo Đoan Trang có hành vi tàng trữ các tài liệu: "Báo cáo tóm tắt về thảm họa môi trường biển Việt Nam"; "Đánh giá chung về tình hình nhân quyền tại Việt Nam"; "Báo cáo đánh giá về luật tôn giáo và tín ngưỡng năm 2016 liên quan đến việc thực hiện quyền tự do tôn giáo và tín ngưỡng ở Việt Nam". Viện Kiểm sát xác định, các tài liệu trên có nội dung tuyên truyền "luận điệu chiến tranh tâm lý, phao tin bịa đặt gây hoang mang trong nhân dân, tuyên truyền thông tin xuyên tạc đường lối, chính sách của Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam".
Hội đồng xét xử xác định, hành vi của bị cáo Phạm Thị Đoan Trang là nguy hiểm cho xã hội, thực hiện với lỗi cố ý xâm phạm chế độ xã hội chủ nghĩa và Nhà nước trên lĩnh vực tư tưởng - văn hóa, xã hội, xâm phạm đến sự vững mạnh của chính quyền nhân dân. Bản thân bị cáo là người có trình độ nhận thức nhất định, bị cáo hiểu và biết rõ hậu quả hành vi vi phạm của mình nhưng vẫn tích cực thực hiện trong một thời gian dài, do vậy cần phải xử phạt nghiêm minh.
Khi quyết định hình phạt, Hội đồng xét xử đánh giá bị cáo Phạm Thị Đoan Trang khai báo không thành khẩn, phạm tội nhiều lần nên quyết định áp dụng hình phạt tù với thời hạn nhất định mới có tác dụng giáo dục và phòng ngừa chung.