Các luật sư đã trình bày nhiều quan điểm bào chữa cho các bị cáo. Bên cạnh đó, nhiều bị cáo cũng đã tham gia tự bào chữa, phân tích bối cảnh thực hiện hành vi, xin được giảm nhẹ hoặc miễn hình phạt cho mình.
Trình bày trước tòa, bị cáo Trần Thị Bình (nguyên Phó Tổng Giám đốc Tập đoàn Dầu khí Việt Nam - PVN) và luật sư bào chữa cho rằng tất cả các công việc bị cáo thực hiện đều dựa vào chủ trương của Chính phủ, Nghị quyết của PVN và phù hợp với chức năng nhiệm vụ bị cáo đã được Tổng Giám đốc PVN phân công. Bị cáo không thực hiện việc gì vượt quá quyền hạn, không lợi dụng quyền hạn để chỉ đạo cấp dưới.
Bị cáo Bình khai, bị cáo không thực hiện chỉ đạo của bị cáo Đinh La Thăng (nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị PVN) tại một số văn bản vì thấy không phù hợp với nhiệm vụ được giao. Công văn chỉ đạo về giá hợp đồng, bị cáo Bình cũng không thực hiện bởi cho rằng đó là việc của chủ đầu tư.
Theo cáo trạng, bị cáo Trần Thị Bình mặc dù biết Liên danh nhà thầu PVC/Alfa Laval/Delta-T không đủ năng lực, kinh nghiệm thực hiện gói thầu TK05 dự án Ethanol Phú Thọ, nhưng vẫn thực hiện theo chỉ đạo của bị cáo Đinh La Thăng để ký văn bản yêu cầu PVC phải có nghị quyết tự nguyện nhận thực hiện gói thầu EPC; đề xuất Hội đồng quản trị PVN ra quyết định đồng ý chủ trương giao Liên danh nhà thầu PVC/Alfa Laval/Delta-T thực hiện gói thầu này theo hình thức chỉ định thầu trái quy định, dẫn đến hậu quả Dự án phải dừng thi công gây thiệt hại hơn 543 tỷ đồng.
Trình bày phần tự bào chữa, bị cáo Phạm Xuân Diệu (nguyên Tổng Giám đốc Tổng Công ty cổ phần xây lắp Dầu khí Việt Nam – PVC) cho rằng bản Cáo trạng cáo buộc bị cáo biết rõ năng lực của liên danh không đạt yêu cầu nhưng vẫn tiếp nhận chỉ đạo của PVN để ký văn bản chỉ định thầu là chưa chính xác. Bị cáo Diệu khẳng định, vào năm 2009, PVC là nhà thầu xây lắp hạng nhất của PVN, trước đó đã hoàn thành nhiều dự án lớn, phức tạp.
Bị cáo Diệu cũng cho rằng, việc đánh giá năng lực liên danh là trách nhiệm của PVB. PVC chỉ là đơn vị làm thuê, không có quyền hạn để đánh giá tiêu chí. Bị cáo Diệu cũng khẳng định không tham gia cuộc họp ngày 26/5/2009 để quyết định PVC nhận thầu gói TK05 với giá 59 triệu USD bởi thời gian đó bị cáo đi học và đã bàn giao toàn bộ công việc cho các lãnh đạo, không dùng điện thoại trong thời gian đi học.
Theo bị cáo Phạm Xuân Diệu, chỉ 20 ngày sau khi hợp đồng kinh tế số 59 được ký, bị cáo nghỉ việc tại PVC, lúc đó hợp đồng này chưa thực hiện, PVC chưa nhận được tiền tạm ứng từ PVB. Bị cáo Diệu cũng khẳng định, thiệt hại của vụ án không phải do năng lực của liên danh mà là do sau này khi triển khai đã không làm đúng các điều khoản trong hợp đồng đã ký.
Từ những dẫn dắt trên, bị cáo Phạm Xuân Diệu cho rằng hành vi của bị cáo nếu có chỉ là vi phạm hành chính, triển khai các nghị quyết của lãnh đạo và mong Hội đồng xét xử xem xét miễn trách nhiệm hình sự và trách nhiệm dân sự cho bị cáo.
Tự bào chữa trước Tòa, bị cáo Đỗ Văn Hồng (Tổng Giám đốc PVC Kinh Bắc) cho rằng bị cáo không có ý định lợi dụng vốn của Nhà nước, bị cáo không có lý do gì để hợp thức khoản tiền tạm ứng 25 tỷ đồng như cáo trạng truy tố. Quá trình điều tra, truy tố, các cơ quan tố tụng đã đánh giá bị cáo Hồng đã tích cực hợp tác, khai báo, giúp cơ quan tố tụng làm rõ vụ án… do vậy bị cáo Hồng đề nghị Hội đồng xét xử xem xét tình tiết giảm nhẹ này và miễn trách nhiệm hình sự, dân sự cho bị cáo.
Tại phần tranh luận, một số luật sư đã phân tích, xác định nguyên nhân gây thiệt hại trong vụ án và phương pháp xác định trách nhiệm dân sự của các bị cáo. Nhiều luật sư đề nghị Hội đồng xét xử cân nhắc các tình tiết giảm nhẹ để xem xét giảm nhẹ hình phạt cho các bị cáo.
Ngày 12/3, phiên tòa tiếp tục với phần đối đáp giữa đại diện Viện Kiểm sát và các luật sư.