Theo đó, Viện Kiểm sát đề nghị Tòa cấp phúc thẩm xác định lại thời điểm thất thoát tài sản Nhà nước trong vụ án để từ đó xác định thiệt hại của vụ án.
Cụ thể, Viện Kiểm sát đề nghị Tòa án nhân dân cấp cao tại Thành phố Hồ Chí Minh xét xử phúc thẩm vụ án theo hướng xác định thời điểm thất thoát tài sản Nhà nước trong vụ án thực tế là số tiền Nhà nước bị thất thoát cho đến khi được ngăn chặn (tức thời điểm Cơ quan An ninh điều tra Công an Thành phố Hồ Chí Minh ra quyết định khởi tố vụ án).
Theo Viện Kiểm sát, quá trình điều tra, truy tố, xét xử vụ án và bản án sơ thẩm cũng đã xác định rõ: Công ty Xây dựng Tân Thuận chuyển nhượng Khu dân cư Ven Sông, khu dân cư Phước Kiển cho Công ty Quốc Cường Gia Lai là trái quy định của Nhà nước về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí. Hành vi phạm tội của các bị cáo bị Viện Kiểm sát nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh truy tố và Hội đồng xét xử tuyên án về tội “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí”. Điều đó khẳng định rằng, các hành vi phạm tội phải đuợc xác định kéo dài từ khi hành vi đó xảy ra cho đến khi Nhà nước lấy lại được quyền quản lý tài sản; nghĩa là khi đó tài sản Nhà nước mới hết thất thoát hoặc khi tội phạm bị ngăn chặn (khi khởi tố vụ án). Vì vậy, thiệt hại phải tính đến thời điểm hai bên hủy hợp đồng ở Dự án Khu dân cư Phước Kiển và thời điểm Cơ quan điều tra ra Quyết định khởi tố vụ án ở Dự án Ven Sông do tài sản Nhà nước tại dự án này đến thời điểm khởi tố vụ án vẫn chưa được thu hồi. Theo cáo trạng số 328/CT-VKS-P3, thiệt hại của vụ án là hơn 735 tỷ đồng.
Trước đó, tại phiên tuyên án ngày 19/10, Hội đồng xét xử cấp sơ thẩm nhận định, cáo trạng truy tố tội danh các bị cáo là có căn cứ. Tòa án đã tuyên phạt Trần Công Thiện (nguyên Tổng Giám đốc Công ty Xây dựng Tân Thuận) 13 năm tù, Tất Thành Cang (cựu Phó Bí thư thường trực Thành ủy Thành phố Hồ Chí Minh) 6 năm tù, 8 bị cáo khác từ 3 năm đến 11 năm tù về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát lãng phí". Tuy nhiên, Tòa cho rằng cách tính thiệt hại của vụ án theo cáo trạng là chưa phù hợp mà phải tính tại thời điểm các bị cáo thực hiện hành vi phạm tội, từ đó Tòa đưa ra con số thiệt hại của vụ án là hơn 200 tỷ đồng, khác với con số thiệt hại mà Viện Kiểm sát truy tố trong cáo trạng.
Đáng chú ý, bản án sơ thẩm lại tuyên các bị cáo Thiện, Minh, Thông, Tân, Long, Hải, Tùng, Bích và Việt phải có trách nhiệm liên đới bồi thường số tiền hơn 283 tỷ đồng cho Công ty Xây dựng Tân Thuận.