Bốn người gồm: Trần Tấn Hải (Phó Tổng Giám đốc Công ty Tân Thuận); Nguyễn Thị Ngọc Bích (Kế toán trưởng); Nguyễn Hoàng Việt và Nguyễn Xuân Tùng (cùng là kiểm soát viên) bị khởi tố điều tra về hành vi vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí.
Trước đó, ngày 6/1, Cơ quan An ninh điều tra đã khởi tố, bắt tạm giam đối với ông Trần Công Thiện - nguyên Tổng Giám đốc Công ty Tân Thuận và ông Nguyễn Văn Minh - nguyên Chủ tịch Hội đồng thành viên Công ty Tân Thuận về tội "Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát lãng phí".
Theo điều tra ban đầu, Công ty Tân Thuận là doanh nghiệp có 100% vốn thuộc Văn phòng Thành ủy Thành phố Hồ Chí Minh, thành lập năm 2004, trụ sở đặt tại Quận 7. Tính đến cuối năm 2016, Công ty Tân Thuận quản lý, đầu tư nhiều dự án như khu dân cư Tân Quy Đông, khu ven sông Tân Phong, khu Bình Hòa, khu Đường 10 Long An… Tháng 8/2009, UBND Thành phố Hồ Chí Minh chấp thuận cho Công ty Tân Thuận làm chủ đầu tư Dự án khu dân cư Phước Kiển.
Ngày 26/4/2017, ông Trần Công Thiện đã ký công văn gửi Văn phòng Thành ủy đề nghị được hợp tác cùng Công ty cổ phần Quốc Cường Gia Lai đầu tư dự án khu dân cư Phước Kiển, huyện Nhà Bè, có mức đầu tư hơn 6.500 tỉ đồng. Sau khi ông Trần Công Thiện có tờ trình, Hội đồng thành viên Công ty Tân Thuận đã chấp thuận đề xuất hợp tác với Công ty Quốc Cường Gia Lai đầu tư dự án khu dân cư Phước Kiển. Trong đó, Công ty Tân Thuận sẽ góp 30% vốn, còn 70% do Công ty Quốc Cường Gia Lai góp vào. Đến ngày 5/6/2017, Công ty Tân Thuận đã chuyển nhượng hơn 32 ha đất tại dự án cho Công ty Quốc Cường Gia Lai. Đây là khu đất có vị trí đẹp cạnh sông Sài Gòn nhưng Công ty Tân Thuận bán chỉ với giá 1,29 triệu đồng/m2, thu về ngân sách hơn 419 tỉ đồng. Giá này được cho là rẻ bất thường, nếu bán theo thị trường có thể thu cho ngân sách hơn 2.000 tỉ đồng.
Sau khi khu đất đã được bán, ngày 5/12/2017, Văn phòng Thành ủy đề nghị Sở Tài nguyên và Môi trường đánh giá lại giá trị khu đất. Kết quả xác định khu đất phần lớn là đất nông nghiệp, chỉ có hơn 480 m2 là đất ở. Trong trường hợp Nhà nước thu hồi đất thì đơn giá bình quân hơn 1,7 triệu đồng/m2, tổng giá trị toàn khu đất hơn 574 tỉ đồng. Theo cách tính này, Công ty Tân Thuận gây thất thoát hơn 150 tỉ đồng.
Ngày 27/12/2017, Thành ủy Thành phố Hồ Chí Minh đã chỉ đạo dừng việc chuyển nhượng, yêu cầu đàm phán lại và báo cáo chi tiết. Đến ngày 18/4/2018, Ban Thường vụ Thành ủy yêu cầu Công ty Tân Thuận hủy hợp đồng chuyển nhượng khu đất cho Công ty Quốc Cường Gia Lai, không đồng ý bán chỉ định, bởi lẽ đây là tài sản kinh tế Đảng nhưng tập thể Thường trực và Ban Thường vụ Thành ủy không biết việc ký chuyển nhượng vào thời điểm giao dịch.
Tháng 5/2018, Ban Thường vụ Thành ủy đã ra quyết định tạm đình chỉ chức vụ Tổng Giám đốc Công ty Tân Thuận đối với ông Trần Công Thiện, đồng thời chỉ đạo thanh tra toàn diện hoạt động của Công ty này.