Hội đồng xét xử gồm 3 người: 1 thẩm phán, 2 hội thẩm nhân dân, do thẩm phán Vũ Quang Huy (Phó Chánh Tòa Hình sự, Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội) làm chủ tọa phiên tòa. Bốn kiểm sát viên của Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội và Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao (được biệt phái về Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội).
Có hơn 30 luật sư đăng ký tham gia bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp cho các bị cáo tại phiên tòa, trong đó bị cáo Nguyễn Nhật Linh (Phó Tổng Giám đốc Công ty Thành An) có nhiều luật sư bào chữa nhất (6 luật sư).
38 bị cáo trong vụ án này gồm: Nguyễn Đăng Thuyết (sinh năm 1970, cựu Tổng Giám đốc Công ty Thành An), Nguyễn Thị Hòa (sinh năm 1978, Giám sát kế toán thuế Công ty Thành An, Công ty Danh, Công ty Tràng Thi), Bùi Thị Mai Hương (sinh năm 1982, Kế toán trưởng Công ty Danh), Đỗ Thị Hoa (sinh năm 1974, cựu Kế toán trưởng Công ty Thành An, Trưởng Ban kiểm soát nội bộ Công ty Tràng Thi), Nguyễn Nhật Linh (sinh năm 1986, Phó Tổng Giám đốc Công ty Thành An), Nguyễn Quý Khái (sinh năm 1983, Giám đốc Công ty Danh), Nguyễn Thị Hải Hà (sinh năm 1969, Kế toán Công ty Cổ phần phát triển Thiết bị Y tế Việt Nam), Phạm Thị Quỳnh Như (sinh năm 1985, Giám đốc Công ty cổ phần vật tư hóa chất và thiết bị Thành Phát), Nguyễn Thị Kim Dung (sinh năm 1984, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn vật tư thiết bị y tế An Bình Minh), Phùng Xuân Thục, sinh năm 1983, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn thiết bị và khoa học công nghệ Trung Nguyên), Nguyễn Văn Lương (sinh năm 1979, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn thiết bị y tế Phú Đa), Đặng Văn Thắng (sinh năm 1981, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn thiết bị y tế Hoàng Dương), Nguyễn Thị Ngọc Ánh (sinh năm 1981, nguyên Giám đốc Công ty cổ phần Quốc tế GBG), Phạm Thị Thu Hà (sinh năm 1983, làm nghê kinh doanh thiết bị y tế Cửa hàng Tuấn Phong), Trần Thị Hồng Hải (sinh năm 1978, Chủ Cửa hàng Thiết bị y tế Trần Thị Hồng Hải), Nguyễn Thị Hằng (sinh năm 1986, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn Thiết bị y tế và hóa chất Phúc Khánh, Chủ Cửa hàng thiết bị vật tư y tế Tân Phát), Lê Thúy Hải (sinh năm 1962, Chủ Cửa hàng Thiết bị y tế Lê Thúy Hải), Ngô Thị Thu Giang (sinh năm 1984, nguyên Chủ Cửa hàng Thiết bị y tế Phú Thái), Hồ Tiến Công (sinh năm 1966, Chủ Cửa hàng thiết bị y tế Mạnh Dũng), Nguyễn Văn Hưng (sinh năm 1978, cựu Giám đốc Công ty thương mại TCT), Trương Vĩnh Tập (sinh năm 1952, Chủ Cửa hàng Thiết bị y tế Thành Tập), Đỗ Thị Ngọc Duyên (sinh năm 1955, Giám đốc Công ty Cổ phần hóa chất và thiết bị y tế Việt Nam), Bùi Hồng Thanh (sinh năm 1975, Chuyên viên vụ Lý luận chính trị thuộc Ban Tuyên giáo Trung ương; Chủ Cửa hàng Thiết bị y tế Bảo Phong), Nguyễn Văn Thạo (sinh năm 1978, trú tại xã Tả Thanh Oai, huyện Thanh Trì, Hà Nội), Trần Văn Năm (sinh năm 1984, trú tại xã Việt Hùng, huyện Trực Ninh, tỉnh Nam Định), Nguyễn Thị Thu Thanh (sinh năm 1956, Chủ Cửa hàng thiết bị y tế Nguyễn Thị Thu Thanh), Hoàng Thị Kim Anh (sinh năm 1983, nguyên chủ Cửa hàng thiết bị Y tế Hoàng Kim), Nguyễn Thanh Hà (sinh năm 1968, Chủ Cửa hàng Thiết bị y tế TP Việt Nam), Đào Thị Hằng (sinh năm 1990, Chủ Cửa hàng Thiết bị và vật tư y tế Ban Mai), Phạm Thị Thu (sinh năm 1993, Chủ Cửa hàng Thiết bị y tế Phạm Thị Thu), Trần Hà Linh (sinh năm 1984, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn thương mại dịch vụ Đăng Gia), Nguyễn Đức Tuấn (sinh năm 1975, Giám đốc Công ty Cổ phần thiết bị Thái An), Nguyễn Thị Vỹ (sinh năm 1990, nguyên chủ Cửa hàng thiết bị Y tế Bảo Trân), Nguyễn Thùy Duyên (sinh năm 1994, Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn thiết bị vật tư Toàn Cầu), Trần Thị Bích Liên (sinh năm 1978, Chủ Cửa hàng Thiết bị Y tế Thành Đạt - Trần Thị Bích Liên), Dương Đình Hoàng (sinh năm 1971, Cửa hàng trưởng Cửa hàng thiết bị y tế Hoàng Dương), Nguyễn Thị Thu Hằng (sinh năm 1989, Phó giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn thương mại và Dịch vụ Hằng Anh), Dương Văn Tiến (sinh năm 1975, Chủ Cửa hàng thiết bị Y tế Hồng Hà).
Trong đó, 6 bị cáo: Nguyễn Đăng Thuyết, Nguyễn Thị Hòa, Bùi Thị Mai Hương, Đỗ Thị Hoa, Nguyễn Nhật Linh, Nguyễn Quý Khái bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng" theo quy định tại Điều 221, khoản 3 - Bộ luật Hình sự.
32 bị cáo còn lại bị Viện Kiểm sát truy tố về tội "In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách Nhà nước" theo quy định tại Điều 203 - Bộ luật Hình sự.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, từ năm 2017 đến năm 2022, với mục đích che giấu lợi nhuận thực tế để thu lợi bất chính, Nguyễn Đăng Thuyết cùng Nguyễn Nhật Linh đã chỉ đạo các nhân viên, gồm: Đỗ Thị Hoa, Nguyễn Thị Hòa, Bùi Thị Mai Hương, Nguyễn Quý Khái lập, sử dụng hai hệ thống sổ kế toán tài chính trong một kỳ kế toán nhằm khai man số liệu các khoản thu, chi tài chính; lập báo cáo tài chính không đúng thực tế kết quả kinh doanh, ký hợp đồng mua bán hàng khống, mua hóa đơn đầu vào của 110 công ty/hộ kinh doanh cá thể để hạch toán tăng giá vốn hàng hóa, tăng chi phí, giảm lợi nhuận thực tế.
Hành vi lập, sử dụng hai hệ thống sổ kế toán của Nguyễn Đăng Thuyết, Nguyễn Thị Hòa, Bùi Thị Mai Hương, Đỗ Thị Hoa, Nguyễn Nhật Linh, Nguyễn Quý Khái đã vi phạm quy định tại Điều 13, khoản 10 - Luật Kế toán số 88/2015/QH13 về các hành vi bị nghiêm cấm "Lập hai hệ thống sổ kế toán tài chính trở lên hoặc cung cấp, công bố các báo cáo tài chính có số liệu không đồng nhất trong cùng một kỳ kế toán" dẫn đến hậu quả gây thiệt hại về thuế phải nộp cho Nhà nước với tổng số tiền hơn 743 tỷ đồng (trong đó thuế Giá trị gia tăng là hơn 62 tỷ đồng và thuế Thu nhập doanh nghiệp là hơn 680 tỷ đồng), phạm vào tội "Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng" theo quy định tại Điều 221 - Bộ luật Hình sự.