Theo cáo trạng, trong quá trình cổ phần hóa, nhóm lãnh đạo Cienco 1 và các bị cáo thuộc Công ty Kiểm toán A&C đã xác định 4 khu đất gồm: 422 m2 tại số 135 Nguyễn Văn Đậu, Thành phố Hồ Chí Minh; 916 m2 tại thành phố Tân An, tỉnh Long An; 16.706 m2 tại huyện Châu Thành, tỉnh Tiền Giang và 852 m2 tại thành phố Pleiku, tỉnh Gia Lai là tài sản cố định vô hình, với tổng giá trị 12,6 tỷ đồng. Với mục đích đẩy nhanh tiến độ cổ phần hóa Cienco 1, cựu Tổng Giám đốc Cienco 1 Cấn Hồng Lai và cựu Chủ tịch Hội đồng thành viên Cienco 1 Phạm Dũng đã thực hiện trái quy định của pháp luật, thực hiện trái các chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ và Bộ Giao thông Vận tải liên quan đến việc đưa giá trị quyền sử dụng 4 khu đất nêu trên vào giá trị doanh nghiệp khi cổ phần hóa.
Điều đáng nói là trước đó, ngày 4/9/2013, lãnh đạo Cienco 1 đã ký hợp đồng dịch vụ thẩm định giá trị tài sản với Công ty trách nhiệm hữu hạn Thẩm định và Tư vấn Việt. Ngày 26/9/2013, Công ty trách nhiệm hữu hạn Thẩm định và Tư vấn Việt đã ban hành 4 chứng thư thẩm định giá, xác định giá trị quyền sử dụng thời điểm ngày 30/6/2013 đối với 4 khu đất trên là gần 25 tỷ đồng.
Mặt khác, theo quy định của Chính phủ, khi doanh nghiệp cổ phần hóa, UBND cấp tỉnh sẽ có ý kiến chính thức để làm căn cứ xác định giá trị đất. Số tài sản này sau đó được Hội đồng định giá tài sản tố tụng hình sự tại 4 tỉnh, thành phố nói trên xác định năm 2013 có tổng giá trị là hơn 67,4 tỷ đồng.
Trình bày trước Tòa về việc tại sao xác định giá đất thấp như vậy, cựu Tổng Giám đốc Cienco 1 Cấn Hồng Lai cho biết: Công ty Kiểm toán A&C được Bộ Giao thông Vận tải phê duyệt làm công ty thực hiện xuyên suốt trong quá trình tư vấn, định giá để cổ phần hóa. Vì lãnh đạo của Cienco 1 không biết việc phê duyệt trên, nên vẫn đi thuê Công ty Thẩm định và Tư vấn Việt để xác định giá thị trường là gần 25 tỷ đồng. Tuy nhiên sau đó Công ty Kiểm toán A&C bác bỏ kết quả định giá của Công ty Thẩm định và Tư vấn Việt, đồng thời chỉ tính giá theo cách của Công ty Kiểm toán A&C.
Bị cáo Lai khai, quy định việc thẩm định giá phải căn cứ vào giá đất của thị trường, nhưng quan điểm của Công ty Kiểm toán A&C lại đưa ra mức giá tạm tính theo giá năm 2011-2012 là 12 tỷ đồng, sau đó sử dụng kết quả này để đưa vào báo cáo thẩm định giá, thông qua Ban chỉ đạo cổ phần hóa và được Bộ Giao thông Vận tải, Bộ Tài chính chấp thuận.
Cũng theo bị cáo Lai, lý do để quyết định việc này là do Công ty Kiểm toán A&C được Bộ Giao thông Vận tải trực tiếp ký hợp đồng. Thêm vào đó, Công ty Thẩm định và Tư vấn Việt chưa đủ căn cứ để bảo vệ quan điểm trước Công ty Kiểm toán A&C, nên đã bị phản bác kết quả định giá.
Về phần mình, bị cáo Phạm Dũng thừa nhận sai phạm của mình liên quan đến việc gây thất thoát hơn 54 tỷ đồng do xác định giá đất không đúng với thực tế đối với 4 khu đất nêu trên. Tuy nhiên, theo bị cáo Dũng, với vai trò là Chủ tịch Hội đồng thành viên, theo quyết định của Bộ Giao thông Vận tải, bị cáo Dũng và bị cáo Lai cùng chịu trách nhiệm về hoạt động của Cienco 1, trong đó bị cáo Dũng chỉ chịu trách nhiệm về việc chỉ đạo, theo dõi đôn đốc hoạt động chung. Bị cáo Dũng cho rằng mình không là người lập phương án cổ phần hóa nên không phải chịu trách nhiệm chính trong việc này.
Khi Viện Kiểm sát đặt câu hỏi về quan điểm bồi thường của bị cáo Dũng và bị cáo Lai trong hành vi không tính giá trị thực tế quyền sử dụng 4 khu đất nêu trên thì cả 2 bị cáo đều cho rằng 4 khu đất đó trước và sau khi cổ phần hóa vẫn còn đó, vẫn thuộc quản lý của Nhà nước, không mất đi đâu, nên không gây thiệt hại gì.
Liên quan đến 4 khu đất nêu trên, Công ty Kiểm toán A&C định giá hơn 12 tỷ đồng; Công ty Thẩm định và Tư vấn Việt định giá gần 25 tỷ đồng (cao hơn của Công ty Kiểm toán A&C hơn 12 tỷ đồng); Hội đồng định giá tài sản tố tụng hình sự 4 tỉnh, thành phố có 4 khu đất đó định giá tài sản là 67,4 tỷ đồng (cao hơn của Công ty Kiểm toán A&C là hơn 54 tỷ đồng). Cuối cùng, Ban chỉ đạo cổ phần hóa và các bên liên quan chấp thuận theo kết quả định giá của Công ty Kiểm toán A&C là hơn 12 tỷ đồng.
Tại phiên xét hỏi, đại diện Viện Kiểm sát giữ quyền công tố tại phiên tòa đã đặt câu hỏi với đại diện Cienco 1 về việc Cienco 1 có nguyện vọng nộp lại khoản tiền chênh lệch cho Nhà nước theo số tiền định giá của Công ty Thẩm định và Tư vấn Việt (là hơn 12 tỷ đồng) hay theo số tiền định giá của Hội đồng định giá tài sản tố tụng hình sự 4 tỉnh, thành phố nói trên (là hơn 54 tỷ đồng)? Đại diện Cienco 1 có mặt tại phiên tòa đã trả lời : Nguyện vọng của Công ty này là muốn nộp lại khoản tiền chênh lệch cho Nhà nước theo số tiền định giá của Công ty Thẩm định và Tư vấn Việt (là hơn 12 tỷ đồng). Đây là nội dung nằm trong đơn đề nghị mà Cienco 1 đã gửi Hội đồng xét xử trước khi diễn ra phiên tòa, nhằm xác định rõ các trách nhiệm dân sự có liên quan của Cienco 1 trong vụ án này.