Nguyên nhân ban đầu được xác định: Vào ngày 24/9/2018, Sơn đi một chiếc Mercedes màu đen đến Ga ra ô tô trên đường đại lộ Lê Nin, thành phố Vinh. Khi đến, Sơn cầm hai tay hai kiếm yêu cầu gặp anh L chủ ga ra. Tuy nhiên tại thời điểm đó chủ ga ra đang đi vắng. Lúc này thấy chị Nguyễn Vân Anh là kế toán ga ra ở đó, Sơn liền đe dọa và yêu cầu chị Vân Anh gọi điện nói anh L về để giải quyết mâu thuẫn. Chị Vân Anh gọi hai lần nhưng anh L vẫn không nhấc máy, Lê Ngọc Sơn tức giận lấy kiếm chặt vào chiếc xe Audi đang sửa gần đó, vết chặt trúng kính chắn gio phía trước và phía sau xe.
Sau khi sự việc xảy ra, chị Vân Anh đến trình báo Công an xã Nghi Phú, thành phố Vinh về sự việc. Nội dung sự vụ ngay lập tức được chuyển đến Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an thành phố Vinh để giải quyết. Theo định gía tài sản hư hỏng từ hành vi của Sơn đối với chiếc xe Audi là trên 50 triệu đồng. Từ kết quả định gía tài sản và thông tin từ bị hại, Cơ quan chức năng đã có lệnh khởi tố vụ án hình sự.
Sáng 1/10, lực lượng chức năng đến nhà số 128 đường Hồng Bàng thi hành lệnh giữ người trong trường hợp khẩn cấp đối với Lê Ngọc Sơn về hành vi “Cố ý làm hư hỏng tài sản”. Khi cơ quan chức năng thông báo lệnh bắt, Lê Ngọc Sơn lập tức chống đối và gọi điện thoại cho 3 người bạn đến hỗ trợ.
Vào khoảng 11 giờ sáng ngày 1/10, 4 đối tượng đã dùng lựu đạn đe dọa, chống đối việc bắt giữ người của lực lượng chức năng.
Vì sự manh động của các đối tượng và việc sử dụng lựu đạn đe dọa người thi hành công vụ có tính chất cực kỳ nguy hiểm và lại là của một nhóm có đến 4 người, mỗi người cầm trên tay một quả lựu đạn nên công an phải huy động cả đội đặc nhiệm cảnh sát cơ động đến bao vây kêu gọi nhóm người này giao nộp vũ khí suốt nhiều giờ liền.
Đến khoảng 16 giờ chiều ngày 1/10 thì có 2 đối tượng tự nguyện xin ra ngoài và giao nộp 2 quả lựu đạn, còn lại Lê Ngọc Sơn và một đối tượng khác vẫn cố thủ đến khuya không chịu ra đầu thú, mặc dù công an đã mời cả bố mẹ của Sơn đến thuyết phục nhiều lần.
Trong 15 giờ đồng hồ, toàn bộ khu vực đối tượng Sơn cố thủ đã được phong tỏa. Các điểm cao xung quanh đều có cảnh sát sử dụng súng bắn tỉa, sẵn sàng xử lý tình huống nếu Lê Ngọc Sơn có hành vi manh động. Chó nghiệp vụ cũng đã được điều động đến hiện trường.
Tuy nhiên đến 23 giờ 35 phút ngày 1/10 thì đối tượng Lê Ngọc Sơn cùng với người bạn đã mở cửa ra đầu thú cơ quan chức năng. Ngay sau đó đối tượng được dẫn giải về cơ quan Công an để phục vụ công tác điều tra.
Được biết, đối tượng Lê Ngọc Sơn từng có tiền án về tội danh liên quan đến ma túy và mới được ra tù được vài tháng nay. Sơn đã có vợ và hai người con, thời điểm xảy ra sự việc vợ con Sơn đều đi vắng.