Đồng thời, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an cũng đã thực hiện quyết định khởi tố bị can, thực hiện lệnh khám xét đối với các ông: Vũ Hồng Chương, nguyên Trưởng ban Quản lý Dự án điện lực dầu khí Thái Bình 2 thuộc Tập đoàn Dầu khí Việt Nam; Trần Văn Nguyên, Kế toán trưởng Ban Quản lý Dự án điện lực dầu khí Thái Bình 2 và Nguyễn Ngọc, nguyên Phó Chủ tịch Hội đồng Quản trị Tổng Công ty Cổ phần Xây lắp dầu khí Việt Nam (PVC). Cả ba bị can này cũng bị khởi tố về tội "cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng".
Quyết định khởi tố bị can và lệnh bắt tạm giam, khám xét đã được Viện Kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn.
Theo kết quả điều tra, 4 bị can khởi tố do có liên quan đến sai phạm các nguyên tắc về tài chính trong quá trình thực hiện Dự án Nhà máy nhiệt điện Thái Bình 2. Mặc dù mới có chủ trương giao Tổng Công ty Cổ phần Xây lắp dầu khí Việt Nam thực hiện gói thầu hợp đồng thiết kế, cung cấp thiết bị công nghệ và thi công xây dựng công trình (EPC) của dự án, chưa ký hợp đồng, nhưng trước đó Tập đoàn Dầu khí Việt Nam đã làm thủ tục chuyển 8,2 triệu USD và hơn 1.317 tỉ đồng cho Ban Quản lý Dự án điện lực để tạm ứng 6,6 triệu USD và 1.312 tỉ cho Tổng Công ty Cổ phần Xây lắp dầu khí Việt Nam, gây thiệt hại cho Nhà nước số tiền lãi phát sinh thời điểm tạm ứng đến thời điểm hợp đồng EPC có hiệu lực (11/10/2011) hơn 51,7 tỉ đồng và hơn 66.000 USD. Cơ quan tố tụng xác định, các khoản thiệt hại gây ra do trách nhiệm của Hội đồng Quản trị Tập đoàn Dầu khí Việt Nam và một số cá nhân có liên quan.