Trước khi bắt đầu quá trình xét xử, chủ tọa phiên tòa đã tiến hành kiểm tra căn cước, lý lịch, sự có mặt của người làm chứng và người có nghĩa vụ liên quan. Theo đó, chỉ có 3/47 người có nghĩa vụ liên quan có mặt; 11/43 người làm chứng có mặt. Trong những người vắng mặt, có ông Hoàng Tiến Đức, nguyên Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La.
Trước sự vắng mặt của người làm chứng và người có nghĩa vụ liên quan, đại diện Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Sơn La đã đề nghị hoãn phiên tòa. Sau phần xem xét, Chủ tọa phiên tòa đã quyết định hoãn phiên tòa; đồng thời, công bố thời gian mở lại phiên tòa vào ngày 15/10/2019.
Trong vụ án này, 6 bị cáo được đưa ra xét xử về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” theo điểm b, khoản 2 Điều 356 Bộ Luật hình sự năm 2015, gồm: Trần Xuân Yến (nguyên Phó Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La); Nguyễn Thị Hồng Nga (nguyên cán bộ Phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục); Lò Văn Huynh (nguyên Trưởng Phòng Khảo thí và quản lý chất lượng giáo dục); Đặng Hữu Thủy (nguyên Phó Hiệu trưởng Trường Trung học Phổ thông Tô Hiệu); Cầm Thị Bun Sọn (nguyên Phó Trưởng Phòng chính trị - tư tưởng Sở Giáo dục và Đào tạo) và Đinh Hải Sơn (nguyên cán bộ Phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La).
Ngoài ra, hai bị cáo được đưa ra xét xử về tội “Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ” theo khoản 1 Điều 356 Bộ Luật hình sự năm 2015, gồm: Nguyễn Thanh Nhàn (nguyên Phó Trưởng Phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng), Đỗ Khắc Hưng (nguyên cán bộ phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La).
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Sơn La, với tài liệu, chứng cứ tại hồ sơ đủ căn cứ chứng minh tại Kỳ thi Trung học Phổ thông quốc gia 2018, các bị cáo Trần Xuân Yến, Nguyễn Thị Hồng Nga, Lò Văn Huynh, Đặng Hữu Thủy, Cầm Thị Bun Sọn, Đinh Hải Sơn, Nguyễn Thanh Nhàn, Đỗ Khắc Hưng đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao với động cơ vụ lợi và động cơ cá nhân khác (vì mối quan hệ gia đình, bạn bè, đồng nghiệp) câu kết với nhau thực hiện hành vi rút bài thi trắc nghiệm sửa, nâng điểm; in khóa phách vòng 1 và vòng 2 để nâng điểm cho 44 thí sinh.
Cụ thể, bị cáo Trần Xuân Yến với nhiệm vụ là Tổ trưởng tổ xử lý bài thi trắc nghiệm, chịu trách nhiệm chính giám sát việc thực hiện nhiệm vụ của các thành viên và chịu trách nhiệm về kết quả chấm thi trắc nghiệm. Yến đã làm trái với nhiệm vụ được giao, nhận thông tin của 13 thí sinh chuyển cho Nga để sửa bài thi nâng điểm cho các thí sinh.
Yến đồng thuận cho phép Nguyễn Thị Hồng Nga, Đặng Hữu Thủy, Cầm Thị Bun Sọn rút bài thi sửa nâng điểm. Mặc dù Yến không trực tiếp tham gia việc sửa bài thi, nhưng Yến tạo điều kiện (không chỉ đạo quét bài thi xong phải niêm phong lại ngay).
Từ việc không chỉ đạo niêm phong lại ngay các bài thi sau khi quét, các bị can đã dễ dàng thực hiện việc rút, sửa bài nâng điểm và quét lại bài thi trong các ngày 29 đến 30/6/2018 và ngày 1 đến ngày 3/7/2018. Khi bị thanh tra, kiểm tra, Yến chỉ đạo Nga che giấu hành vi phạm tội bằng cách xóa dữ liệu trên máy tính.
Bị cáo Nguyễn Thị Hồng Nga là thành viên Tổ xử lý bài thi trắc nghiệm được giao cùng Thủy thực hiện việc quét (scan) chấm điểm bài thi. Trong thời gian chấm thi, Nga đã trực tiếp và thông qua Trần Xuân Yến, Đặng Hữu Thủy, Lò Văn Huynh, Nguyễn Thanh Nhàn, Đỗ Khắc Hưng, Đinh Hải Sơn tiếp nhận thông tin của 40 thí sinh, thực hiện việc rút bài, sửa nâng điểm các môn thi trắc nghiệm vào các ngày 29/6 đến ngày 30/6/2018 và ngày 1 đến 3/7/2018 cùng Thủy thực hiện việc xóa, quét lại bài thi đã sửa, khi quét lại Nga đều thay đổi hệ thống giờ trên máy tính để phù hợp với thời gian quét ảnh bài thi gốc trước đó. Ngoài ra, các bị cáo khác lợi dụng chức vụ được giao đã bàn bạc, tiếp tay trực tiếp rút bài, sửa điểm thi trắc nghiệm và tự luận cho các thí sinh.
Cũng theo cáo trạng, quá trình điều tra có 4 bị cáo khai nhận đã nhận tiền của một số trường hợp để sửa bài, nâng điểm cho thí sinh. Theo đó, Nguyễn Thị Hồng Nga khai đã nhận 1 tỷ 40 triệu đồng để nâng điểm cho 4 thí sinh và đã nộp lại 1 tỷ đồng.
Bị cáo Cầm Thị Bun Sọn khai đã nhận 440 triệu đồng để nâng điểm cho một thí sinh, số tiền này bị cáo đã nộp lại cho cơ quan điều tra. Bị cáo Lò Văn Huynh khai đã nhận 1 tỷ đồng để nâng điểm cho hai thí sinh, số tiền này bị cáo đã nộp cho cơ quan điều tra.
Ngoài ra, Lò Văn Huynh còn khai nhận của một người khác số tiền 300 triệu đồng để nâng điểm cho một thí sinh, sau đó Huynh đã trả lại số tiền này cho người đưa. Bị cáo Đặng Hữu Thủy khai đã nhận 500 triệu đồng để nâng điểm cho 4 thí sinh, số tiền này sau đó Thủy đã trả lại cho gia đình các thí sinh.
Hành vi thỏa thuận sẽ nhận tiền để sửa nâng điểm cho các thí sinh của các 4 bị cáo nêu trên có dấu hiệu của các tội: Tội nhận hối lộ; Tội đưa hối lộ và Tội môi giới hối lộ. Tuy nhiên, theo kết quả điều tra, những người đưa tiền đều không thừa nhận được thỏa thuận và đưa tiền cho các bị cáo.
Ngoài lời khai của 4 bị cáo và số tiền đã nộp cơ quan điều tra, không có tài liệu chứng cứ nào khác để chứng minh. Do đó, không đủ căn cứ để truy cứu trách nhiệm hình sự đối với những bị cáo này về Tội nhận hối lộ; Tội đưa hối lộ và Tội môi giới hối lộ. Số tiền 4 bị cáo nhận của các đối tượng được xác định là tiền do vụ lợi mà có.
Cáo trạng cũng nêu rõ có 18 người nhận thông tin từ người nhà các thí sinh, hoặc thông qua người khác rồi chuyển cho các bị cáo, trong đó có ông Hoàng Tiến Đức, nguyên Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La. Bên cạnh đó, 27 đối tượng là cha, mẹ hoặc người thân của thí sinh thừa nhận chuyển thông tin nhờ “xem điểm”. 11 thí sinh khai nhận trực tiếp liên hệ chuyển thông tin với mục đích “nhờ xem điểm”.