Theo cáo trạng, tháng 5/2021, Cơ quan An ninh điều tra, Công an thành phố Hà Nội nhận được công văn của Chi cục Thuế quận Hai Bà Trưng (Hà Nội) phản ánh Trung tâm LPSD có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế. Chi cục Thuế đề nghị Cơ quan điều tra xác minh, làm rõ hành vi có dấu hiệu trốn thuế xảy ra tại Trung tâm LPSD.
Qua điều tra, Cơ quan công an đã làm rõ, Trung tâm LPSD là tổ chức khoa học công nghệ, chuyên nghiên cứu khoa học và triển khai các đề tài, đề án, dự án thuộc lĩnh vực pháp luật và chính sách phát triển bền vững. Trung tâm hoạt động theo mô hình doanh nghiệp, có tư cách pháp nhân, con dấu, tài khoản và hoạt động theo phương thức hạch toán độc lập.
Đặng Đình Bách được bổ nhiệm là Giám đốc Trung tâm từ năm 2013. Bách thuê Hoàng Thị Thu Trang (sinh năm 1986) làm kế toán, đến năm 2020, Trang nghỉ việc. Các nhân viên làm việc tại Trung tâm có tính chất thời vụ.
Quá trình hoạt động, Bách liên hệ với các tổ chức nước ngoài, đàm phán nhận các khoản tiền tài trợ để triển khai các chương trình, dự án. Tuy nhiên, khi nhận tài trợ, Trung tâm LPSD không làm thủ tục xin phê duyệt, không được các cơ quan có thẩm quyền phê duyệt theo quy định. Trung tâm sử dụng 5 tài khoản tại 3 ngân hàng gồm: Vietcombank, MSB, VPBank. Từ năm 2016-2020, Trung tâm đã nhận số tiền hơn 10 tỷ đồng từ các tổ chức trong nước và nước ngoài thanh toán hợp đồng dịch vụ, tài trợ cho Trung tâm. Cơ quan tố tụng xác định, Đặng Đình Bách có hành vi trốn thuế hơn 1,38 tỷ đồng.
Quá trình điều tra, Đặng Đình Bách đổ thừa cho kế toán tự ý thực hiện hành vi trên. Tuy nhiên, Trang khai nhận, khi bắt đầu vào làm việc tại Trung tâm, Trang phát hiện Trung tâm phát sinh nhiều giao dịch tại MSB, Vietcombank nhưng không hạch toán trên báo cáo thuế hoặc báo cáo không đầy đủ. Trang đã trao đổi với Bách để xử lý song Bách vẫn chỉ đạo nhận tiền tài trợ về các tài khoản trên. Cơ quan điều tra xác định, Trang là người làm thuê, thực hiện công việc theo sự chỉ đạo của Bách. Quá trình điều tra, Trang khai báo thành khẩn, tích cực phối hợp với cơ quan điều tra nên không cần thiết phải xử lý hình sự.
Hội đồng xét xử kết luận, bị cáo Đặng Đình Bách là Giám đốc Trung tâm, chịu trách nhiệm trước pháp luật về hoạt động của Trung tâm. Bị cáo Bách biết các khoản tiền mà Trung tâm LPDS nhận được cũng như số liệu báo cáo cơ quan thuế nên biết rõ về số tiền để ngoài sổ sách, không nộp hồ sơ khai thuế theo quy định.