Trả lời tại tòa, bị cáo Nguyễn Đức Chung phủ nhận đã giúp đỡ Công ty Nhật Cường trúng thầu; cho rằng mình bị oan, khẳng định không trao đổi email với Tổng Giám đốc Công ty Nhật Cường Bùi Quang Huy về các gói thầu, và luôn "làm đúng trách nhiệm".
Trong phiên xét hỏi vào chiều 27/12, bị cáo Nguyễn Đức Chung được cách ly với 6 bị cáo còn lại. Khi đến phần xét hỏi mình, bị cáo Nguyễn Đức Chung đã khai ngược lại với lời khai trước đó của các bị cáo vốn là cấp dưới của ông Chung.
Bị cáo Chung thừa nhận, một ngày trước khi đóng thầu thì bản thân gọi 3 cuộc điện thoại cho bị cáo Nguyễn Văn Tứ (nguyên Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội) với nội dung đình chỉ gói thầu. Song bị cáo Chung cho rằng động cơ của các cuộc gọi này không phải để "tạo điều kiện" cho Công ty Nhật Cường dự thầu như cáo buộc của Viện Kiểm sát.
Cựu Chủ tịch UBND thành phố Hà Nội Nguyễn Đức Chung giải thích, trước đó, UBND thành phố Hà Nội nhiều lần có chủ trương dừng tất cả dự án về công nghệ thông tin để rà soát lại và hoàn thiện. Bị cáo nhiều lần nhắc nhở, song người tiền nhiệm của bị cáo Tứ chưa cho dừng, do đó các gói thầu dang dở này đến giai đoạn mà bị cáo Tứ làm Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội vẫn được thực hiện. Mặt khác, khi thực hiện gói thầu, Sở Kế hoạch và Đầu tư chưa được UBND thành phố Hà Nội thông qua, chưa được Sở Thông tin và Truyền thông thành phố thẩm định. Vì vậy, bị cáo Chung cho rằng việc bị cáo yêu cầu bị cáo Tứ đình chỉ gói thầu là "đúng thẩm quyền của Chủ tịch UBND thành phố".
Lời khai này của bị cáo Chung mâu thuẫn với lời khai trước đó của bị cáo Tứ cho rằng Sở Kế hoạch và Đầu tư Hà Nội buộc phải dừng thầu do chịu áp lực và "chỉ đạo quyết liệt" từ phía bị cáo Chung. Cụ thể, bị cáo Tứ cho biết, sáng 16/5/2016, khi chuẩn bị giao ban, bị cáo Tứ có nhận điện thoại của bị cáo Nguyễn Đức Chung. Ông Chung yêu cầu rất quyết liệt về việc dừng gói thầu này. Trước đó, trong ngày 15/5, bị cáo Tứ cũng nhận điện thoại của bị cáo Chung yêu cầu dừng gói thầu với lý do đưa công nghệ mới hiện đại của Liên bang Nga vào.
Bị cáo Nguyễn Văn Tứ cho rằng bị cáo Chung chỉ đạo rất quyết liệt, nếu không cho dừng thì bị cáo Tứ sẽ phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc không cho dừng thầu. Ngoài ra, Chủ tịch UBND thành phố còn là Trưởng ban Ban Chỉ đạo Công nghệ thông tin của thành phố; bị cáo Tứ là thành viên của UBND thành phố, chịu sự chỉ đạo của Chủ tịch UBND thành phố. Theo bị cáo Tứ, công nghệ là vấn đề quan trọng nên thấy rằng cần phải dừng theo chỉ đạo của bị cáo Chung. Bị cáo Tứ thừa nhận việc cho dừng thầu là không đúng nhưng không gây hậu quả nghiêm trọng. “Nếu biết thiệt hại như trong kết luận điều tra thì tôi không bao giờ thực hiện” - bị cáo Tứ nói.
Khi UBND thành phố Hà Nội tiếp tục cho phép đấu thầu lại, bị cáo Chung yêu cầu phải tổ chức buổi làm việc với Công ty Nhật Cường về công nghệ số hóa mới, do đó Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố đã phân công người trực tiếp tổ chức buổi nghe Công ty Nhật Cường giới thiệu về công nghệ số hóa của Liên bang Nga. Nguyên Giám đốc Sở Kế hoạch và Đầu tư Nguyễn Văn Tứ khai rằng bản thân hiểu việc này rất nhạy cảm, nên đã ký văn bản gửi thành phố, báo cáo về việc Nhật Cường xin và cam kết đưa công nghệ mới nhất của Nga vào thí điểm…
Đánh giá về kết quả thí điểm của Công ty Nhật Cường, bị cáo Tứ cho rằng Công ty Nhật Cường mới hoàn thành phần số hóa, chưa hoàn thành phần đính tài liệu lên hệ thống cơ sở dữ liệu quốc gia.
Trả lời thẩm vấn tại Tòa, trừ bị cáo Chung, cả 6 bị cáo còn lại đều thừa nhận nội dung truy tố của Viện Kiểm sát là đúng, tuy nhiên cũng đề nghị Hội đồng xét xử cân nhắc rằng hành vi, bối cảnh phạm tội của 6 bị cáo chỉ là làm theo chỉ đạo của cấp trên… và cho các bị cáo được hưởng những tình tiết giảm nhẹ.