Theo đó, sau khi nộp hồ sơ người nộp thuế nhận được hai thông báo. Thông báo bước 1 về việc cơ quan thuế “Tiếp nhận hồ sơ khai thuế điện tử” của người nộp thuế, được trả chậm nhất trong vòng 15 phút sau khi người nộp thuế gửi hồ sơ khai thuế. Thông báo bước hai về việc cơ quan thuế “chấp nhận hay không chấp nhận việc nộp hồ sơ khai thuế điện tử” của người nộp thuế, được trả ra trong vòng 1 ngày làm việc kể từ ngày Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế trả thông báo bước 1.
Ở công đoạn này, người nộp thuế được xem là hoàn thành nghĩa vụ nộp hồ sơ khai thuế, sau khi nhận được thông báo bước hai là “chấp nhận”. Còn trường hợp nhận được thông báo bước hai là “không chấp nhận” thì người nộp thuế thực hiện điều chỉnh hồ sơ khai thuế theo hướng dẫn tại thông báo. Ngày nộp hồ sơ khai thuế của người nộp thuế, được cơ quan thuế thực hiện ghi nhận trên thông báo bước 1.
Như vậy, tất cả sai sót, lỗi kê khai trên hồ sơ khai thuế của người nộp thuế sẽ được tự động kiểm tra và hiển thị đầy đủ trên thông báo bước hai cùng với cách xử lý lỗi, khắc phục sai sót thay cho việc cán bộ thuế trực tiếp hướng dẫn để đảm bảo tính thống nhất, khách quan. Người nộp thuế chỉ phải hoàn chỉnh, sửa lỗi kê khai một lần và gửi lại hồ sơ khai điều chỉnh hoặc bổ sung điện tử để hoàn thành nghĩa vụ nộp hồ sơ khai thuế.
Thời gian điều chỉnh hoặc bổ sung không ảnh hưởng đến thời gian đã nộp hồ sơ của người nộp thuế. Trường hợp nếu người nộp thuế khi nhận được thông báo bước hai với nội dung có lỗi khi kê khai nhưng không điều chỉnh hoặc bổ sung hồ sơ khai thuế theo hướng dẫn thì người nộp thuế vẫn chưa được cơ quan thuế ghi nhận là hoàn thành nghĩa vụ nộp hồ sơ khai thuế.
Để đảm bảo quyền lợi và nghĩa vụ của người nộp thuế, Cục Thuế Hà Nội đề nghị tổ chức, doanh nghiệp, cá nhân thực hiện theo hướng dẫn ghi trên thông báo và gửi lại hồ sơ khai thuế đã điều chỉnh hoặc bổ sung cho cơ quan thuế. Từng tình huống sai sót, hướng dẫn xử lý sẽ được hiển thị khi hồ sơ khai thuế của người nộp thuế nhận được thông báo bước 2 là hồ sơ khai thuế không được chấp nhận.
Với việc triển khai tiếp nhận hồ sơ khai thuế điện tử hai bước, nhiều doanh nghiệp trên địa bàn Thủ đô đánh giá, đây là bước cải cách thủ tục hành chính quan trọng, giúp doanh nghiệp giảm được thời gian, chi phí đi lại, tiện lợi có thể thực hiện kê khai bất cứ lúc nào trong ngày, hạn chế phiền hà.