Đề án là cơ sở để thực hiện Nghị định 46/2018/NĐ-CP ngày 14/3/2018 của Chính phủ quy định việc quản lý, sử dụng và khai thác tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia.
Một trong những nội dung quan trọng của đề án là phương thức quản lý, thực hiện vốn quản lý, bảo dưỡng kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia. Đầu năm 2020, do các quy định pháp luật liên quan chưa đồng bộ, nên đã không thể triển khai ký hợp đồng đặt hàng bảo dưỡng, duy tu đường sắt. Cục Đường sắt Việt Nam đã tích cực cùng các đơn vị tìm giải pháp, báo cáo cấp có thẩm quyền tháo gỡ. Vì vậy, Chính phủ thống nhất để Bộ Giao thông Vận tải tiếp tục giao dự toán kinh phí quản lý, bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia năm 2020 cho Tổng công ty Đường sắt Việt Nam (VNR) theo cơ chế cũ, tức là giao kế hoạch.
Tuy nhiên, Chính phủ cũng yêu cầu, từ năm 2021, Bộ Giao thông Vận tải chủ động phối hợp với các cơ quan liên quan chuẩn bị đầy đủ các điều kiện cần thiết để thực hiện bố trí, sử dụng kinh phí quản lý, bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia theo đúng quy định của pháp luật, có nghĩa là theo Nghị định 32/2019/NĐ-CP của Chính phủ, cơ quan quản lý Nhà nước phải đặt hàng doanh nghiệp thực hiện.
Thực hiện chỉ đạo của Chính phủ, trong Dự thảo Đề án đã đưa ra 3 phương án thực hiện vốn quản lý, bảo dưỡng kết cấu hạ tầng đường sắt. Sau khi phân tích các ưu, nhược điểm của các phương án, Dự thảo đã đề xuất lựa chọn phương án 3.
Theo đó, sau khi được Bộ Giao thông Vận tải giao dự toán chi kinh phí hoạt động kinh tế đường sắt từ ngân sách Nhà nước hàng năm, Cục Đường sắt Việt Nam, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam và từng công ty cổ phần đường sắt, thông tin tín hiệu đường sắt cùng đồng thời ký hợp đồng đặt hàng 3 bên thực hiện quản lý, bảo dưỡng thường xuyên kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia.
Cụ thể, Cục Đường sắt Việt Nam là cơ quan đặt hàng cung cấp dịch vụ sự nghiệp công quản lý, bảo dưỡng thường xuyên kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia.
Tổng công ty Đường sắt Việt Nam thực hiện quản lý, giám sát bảo dưỡng thường xuyên kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia đối với quản lý kết cấu hạ tầng đường sắt, tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia. Cụ thể: Lập, quản lý, lưu trữ và cập nhật hồ sơ quản lý kết cấu hạ tầng đường sắt, hồ sơ quản lý tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt; Lập, điều chỉnh kế hoạch, dự toán quản lý, bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt; tổ chức kế toán tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt. Thực hiện kiểm kê, báo cáo về kết cấu hạ tầng đường sắt, tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt; an toàn giao thông... Tổng công ty Đường sắt Việt Nam cũng thực hiện giám sát bảo dưỡng thường xuyên kết cấu hạ tầng đường sắt.
Trong khi đó, từng công ty cổ phần đường sắt, thông tin tín hiệu đường sắt thực hiện bảo dưỡng thường xuyên kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia và hoạt động khắc phục hậu quả lụt, bão, sự cố, thiên tai công trình đường sắt quốc gia theo quy định của Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải.
Theo Cục Đường sắt Việt Nam, đây là phương án có nhiều thuận lợi do 3 bên cùng ký kết trong một hợp đồng đặt hàng, nên việc phối hợp thực hiện của các chủ thể trong hợp đồng được thuận lợi hơn.
Tuy nhiên, theo Cục Đường sắt Việt Nam, để phương án này khả thi, cần sửa đổi một số nghị định, thông tư cho phù hợp. Đồng thời cần xây dựng cơ chế rõ ràng trong việc phối hợp thực hiện bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia giữa cơ quan quản lý nhà nước và doanh nghiệp kinh doanh kết cấu hạ tầng đường sắt; trong đó phân định rõ trách nhiệm của các chủ thể trong việc quản lý tài sản, bảo vệ kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia, trách nhiệm bảo đảm an toàn giao thông đường sắt, an toàn chạy tàu, khắc phục hậu quả sự cố, tai nạn giao thông, thiên tai...
Trước đó, đầu năm 2020, Tổng công ty Đường sắt Việt Nam đã có công văn gửi Thủ tướng Chính phủ, Bộ Giao thông Vận tải về việc 2.800 tỷ đồng kinh phí hàng năm dành cho bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia bị tạm ngừng giao do vướng mắc liên quan đến cơ quan chủ quản giao vốn sau khi Tổng công ty Đường sắt Việt Nam chuyển về Ủy ban Quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp.
Để giải quyết vấn đề này, Uỷ ban thường vu quốc hội và Chính phủ đã cho phép Bộ Giao thông Vận tải tiếp tục giao vốn cho Tổng công ty Đường sắt Việt Nam được thực hiện cơ chế tiếp tục sử dụng kinh phí quản lý, bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia năm 2020 thông qua dự toán ngân sách nhà nước của Bộ Giao thông Vận tải như đã thực hiện năm 2019.
Tuy nhiên, Chính phủ yêu cầu, từ năm 2021, Bộ Giao thông Vận tải chủ động phối hợp với các cơ quan liên quan chuẩn bị đầy đủ các điều kiện cần thiết để thực hiện bố trí, sử dụng kinh phí quản lý, bảo trì kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia theo đúng quy định tại Nghị định 32/2019/NĐ-CP của Chính phủ, cơ quan quản lý Nhà nước phải đặt hàng doanh nghiệp thực hiện.