Đây là vườn quốc gia thứ hai và là khu bảo tồn thứ ba của Việt Nam đạt được danh hiệu “Danh lục xanh” (sau Khu Bảo tồn đất ngập nước Vân Long tại tỉnh Ninh Bình và Vườn Quốc gia Cát Tiên tại tỉnh Đồng Nai). Việc Vườn Quốc gia Côn Đảo được công nhận danh hiệu “Danh lục xanh” khẳng định những nỗ lực bền bỉ trong công tác quản lý và bảo tồn thiên nhiên tại một trong những hệ sinh thái đặc sắc nhất Việt Nam.