Trước đó, Công ty cổ phần Sữa Việt Nam (Vinamilk) và một số doanh nghiệp nhập khẩu sữa đã có văn bản ngày 26/11/2015 gửi Thủ tướng Chính phủ (đồng gửi Bộ trưởng Bộ Tài chính) về kiến nghị khẩn cấp phản đối việc áp dụng mã số không có căn cứ với mặt hàng Anhydrous Milkfat (AMF).
Theo các doanh nghiệp sữa cho biết: Từ năm 2000 đến nay, họ nhập khẩu mặt hàng có tên thương mại là Anhydrous Milkfat (AMF) của Tập đoàn Fontera (New Zealand) để phục vụ sản xuất, kinh doanh tại thị trường Việt Nam. Các doanh nghiệp cũng dẫn các tài liệu của Ủy ban tiêu chuẩn hóa Thực phẩm Quốc tế - Codex (CODEX STAN 280-1973), Quy chuẩn kỹ thuật Quốc gia Việt Nam (QCVN 5-4:2010/BTY), Tiêu chuẩn quốc gia Việt Nam (TCVN 8434:2010) cho rằngAnhydrous Milkfat hay Anhydrous Butterfat là như nhau.
Lâu nay, cơ quan Hải quan vẫn xác định mặt hàng được nhập khẩu có mã số là 0405.90.10 với mức thuế suất nhập khẩu là 5%. Thế nhưng mới đây, trên cơ sở kiểm tra sau thông quan, Tổng cục Hải quan đã chỉ đạo các cục hải quan địa phương sử dụng mã số thuế 040590.90, với mức thuế suất lên tới 15% và thực hiện truy thu thuế đối với doanh nghiệp với các lô hàng từ năm 2010.
Các doanh nghiệp sữa cho rằng, việc Tổng cục Hải quan bất ngờ yêu cầu đổi mã số mặt hàng kéo mức thuế suất nhập khẩu mặt hàng này tăng từ 5% lên 15% là mang tính áp đặt và không có căn cứ. Ước tính từ phía doanh nghiệp, số thuế bị truy thu sẽ ở khoảng 1.000 tỷ đồng.
Trả lời thắc mắc về việc chấp nhận cho doanh nghiệp khai hai mặt hàng cùng mã hàng hóa những năm qua, đại diện ngành Hải quan cho rằng “có những mặt hàng rất phức tạp" và đây cũng là lý do ngành Hải quan cần kiểm tra sau thông quan để phát hiện các tình huống tương tự. Cơ quan Hải quan cũng khẳng định khoản tiền truy thu dự tính nếu có là khoảng 700 tỷ đồng chứ không tới 1.000 tỷ đồng như thông tin trước đó.