Hương Giang còn có 3 đơn vị liên doanh với phần vốn của Nhà nước tại các liên doanh này là quyền sử dụng đất và tài sản trên đất. Đó là khách sạn 4 sao Saigon Morin (liên doanh với Saigontourist với tỉ lệ góp vốn 50%), khách sạn 5 sao La Residence (liên doanh với Công ty Khách sạn Kinh Thành, góp vốn 49%) và Lăng Cô Beach Resort (góp vốn 40%). Trước khi thực hiện chủ trương của Chính phủ về việc thoái vốn nhà nước trong các đơn vị kinh doanh, năm 2013, công ty thực hiện xong cổ phần hóa, vốn nhà nước ở đây chiếm 62,86%.
Nghị quyết 01-NQ/TƯ ngày 4/12/2015 của Tỉnh ủy Thừa Thiên - Huế khóa XV xác định: "Rà soát lại các chính sách ưu đãi để bổ sung sửa đổi, nhất là chính sách ưu đãi đối với các nhà đầu tư chiến lược .."; phấn đấu cho ít nhất 1-2 doanh nghiệp lớn đầu tư trong năm 2016.
Trên cơ sở đó, tháng 3/2016, UBND tỉnh Thừa Thiên - Huế thực hiện chủ trương thoái vốn nhà nước khỏi công ty cổ phần, đã bán toàn bộ cổ phần trong Công ty Cổ phần Du lịch Hương Giang cho Tập đoàn Bitexco. Tổng số chuyển nhượng là 12.572.200 cổ phần, mức giá chuyển nhượng 12.600 đồng/cổ phần, số tiền bán được 158 tỷ đồng. Như vậy, sau khi mua lại cổ phần từ UBND tỉnh Thừa Thiên - Huế cộng với hơn 7,6% cổ phần đã mua trước đó, Bitexco đã chiếm giữ hơn 70,4% cổ phần, trở thành cổ đông lớn nhất của Công ty Cổ phần Du lịch Hương Giang.
Nguyên Chủ tịch UBND tỉnh Thừa Thiên - Huế Nguyễn Văn Cao khẳng định, việc thoái vốn Nhà nước tại Công ty Cổ phần Du lịch Hương Giang đúng quy định, Nhà nước chỉ thoái vốn chứ không bán đất mà cho thuê hàng năm. Tỉnh Thừa Thiên - Huế cũng đã có công văn báo cáo Thủ tướng Chính phủ về việc thoái vốn Nhà nước tại Công ty Cổ phần Du lịch Hương Giang.
Tại văn bản số 7722/VPCP-ĐMDN Chính phủ đã có ý kiến thống nhất cho tỉnh được chọn đối tác - nhà đầu tư phù hợp với định hướng phát triển ngành du lịch của tỉnh đàm phán để thoái vốn "trọn lô" số cổ phần Nhà nước hiện có tại Công ty Cổ phần Du lịch Hương Giang theo phương thức thỏa thuận trực tiếp. Giá bán được thực hiện theo quy định hiện hành và đảm bảo hiệu quả tối ưu.
Sau đó, việc thực hiện thoái vốn ở đây đã được tỉnh Thừa Thiên - Huế tiến hành theo quy trình, trong đó khâu thẩm định, định giá tài sản là hết sức quan trọng, để đảm bảo tài sản của Nhà nước không bị thất thoát. Tỉnh đã 2 lần chọn các đơn vị tư vấn, gồm Công ty Cổ phần chứng khoán Bản Việt và Công ty Cổ phần Thông tin và thẩm định giá miền Nam (các đơn vị trên đều nằm trong danh sách được Bộ Tài chính cho phép hoạt động trong lĩnh vực này), với kết quả định giá đưa ra vào khoảng cuối năm 2015 lần lượt là 11.600 đồng/cổ phiếu và 12.066 đồng/cổ phiếu. Đây cũng chỉ là kết quả tham khảo, bởi sau đó, UBND tỉnh đã thành lập một hội đồng thẩm định để thẩm định lại giá trị và đề xuất UBND tỉnh phê duyệt giá chuyển nhượng là 12.600 đồng/cổ phiếu, cao hơn mức giá các đơn vị thẩm định trước đó.
Ông Nguyễn Quốc Thành, nguyên Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Du lịch Hương Giang cho biết thêm: Tại thời điểm trước và sau khi thoái vốn nhà nước tại đây, hoạt động kinh doanh của đơn vị đang trong giai đoạn khó khăn. Cụ thể, năm 2015, Công ty Cổ phần du lịch Hương Giang kinh doanh thua lỗ hơn 14,2 tỷ đồng; năm 2016 tiếp tục thua lỗ hơn 14 tỷ đồng.
Tại một hợp đồng chuyển nhượng chứng khoán lập tại thành phố Hồ Chí Minh (số 4697/CK-HĐCN) ngày 24/10/2016 do bên phát hành ký (tức Công ty Cổ phần du lịch Hương Giang) xác nhận cho đơn vị Công ty cổ phần quản lý quỹ đầu tư tài chính dầu khí, muốn bán lại số cổ phần họ đã sở hữu ở Công ty Cổ phần Du lịch Hương Giang bấy giờ chỉ có giá là 8.500 đồng/cổ phần.
Bên cạnh đó, nhiều ý kiến nhầm lẫn giữa việc thoái vốn nhà nước với việc thâu tóm "đất vàng" ở Huế của Tập đoàn Bitexco. Về vấn đề này, UBND tỉnh Thừa Thiên - Huế lý giải: Sau cổ phần hóa năm 2008 đến nay, toàn bộ khu đất mà Công ty Cổ phần du lịch Hương Giang đang sử dụng được hợp đồng thuê của Nhà nước, trả tiền theo từng năm, không được trả tiền cả 50 năm và chỉ dùng vào mục đích làm du lịch cao cấp, không được đầu tư bất động sản khác như cam kết với tỉnh và phải thực hiện đúng quy hoạch được duyệt. Đơn giá thuê đất đã được tính bao gồm lợi thế vị trí khu đất theo quy định. Hơn thế nữa, toàn bộ khu đất mà Công ty Cổ phần du lịch Hương Giang đang sử dụng phải chịu sự giám sát, chi phối bởi quy hoạch sử dụng đất khu vực cảnh quan ven bờ sông Hương (không được làm cao tầng hơn các cơ sở đang sử dụng hiện nay).
Như vậy, theo quy định hiện hành, lợi thế đất đai đã được tính đúng vào giá thuê đất hàng năm, được điều chỉnh định kỳ theo quy định của Nhà nước và phải được Hội đồng nhân dân tỉnh Thừa Thiên - Huế thông qua. Hay nói cách khác, đất đó không được chuyển nhượng khi thoái vốn nhà nước. Điều này đúng với chủ trương của Chính phủ tại Thông báo số 67/TB-VPCP: "Yêu cầu nhà đầu tư thực hiện cam kết khi mua cổ phần của Công ty cổ phần du lịch Hương Giang, phát triển công ty theo hướng phát triển du lịch của tỉnh. Thực hiện việc thuê đất thu tiền hàng năm theo đúng quy định của pháp luật, không được chuyển sang hình thức thuê đất thu tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê đất đối với Công ty cổ phần Du lịch Hương Giang. Không được chuyển đổi mục đích sử dụng đất đối với các khu đất mà công ty đang thuê của Nhà nước sang mục đích sử dụng khác"...