Cơ quan thuộc Chính phủ do Chính phủ thành lập, có chức năng phục vụ nhiệm vụ quản lý nhà nước của Chính phủ; thực hiện một số dịch vụ công có đặc điểm, tính chất quan trọng mà Chính phủ phải trực tiếp chỉ đạo. Cơ quan thuộc Chính phủ chịu sự quản lý nhà nước của Bộ quản lý ngành, lĩnh vực.
Cơ quan thuộc Chính phủ có nhiệm vụ trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chiến lược, quy hoạch, các chương trình, kế hoạch dài hạn, năm năm và hàng năm, các dự án quan trọng của cơ quan; tổ chức thực hiện chiến lược, quy hoạch, chương trình, kế hoạch sau khi được phê duyệt; tham gia thẩm định các đề án, dự án quan trọng thuộc chuyên môn, nghiệp vụ theo yêu cầu của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ; quyết định các dự án đầu tư thuộc thẩm quyền theo quy định của pháp luật.
Bên cạnh đó, cơ quan này công bố tiêu chuẩn cơ sở; ban hành quy trình chuyên môn, nghiệp vụ, định mức kinh tế - kỹ thuật để triển khai các dịch vụ công được Chính phủ giao; tổ chức triển khai các dịch vụ công được Chính phủ giao theo đúng quy định của pháp luật; kiểm tra, giám sát việc thực hiện các dịch vụ công đối với các cơ quan, tổ chức, đơn vị trực thuộc theo quy định của pháp luật.
Cơ quan thuộc Chính phủ còn có nhiệm vụ trình Thủ tướng Chính phủ quyết định về thành lập mới, tổ chức lại, giải thể các tổ chức, đơn vị thuộc cơ cấu tổ chức của cơ quan; quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức và mối quan hệ công tác của các tổ chức, đơn vị trực thuộc; trình Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức cấp phó của người đứng đầu cơ quan thuộc Chính phủ; bổ nhiệm, miễn nhiệm, kỷ luật người đứng đầu và cấp phó của người đứng đầu các tổ chức, đơn vị trực thuộc theo quy định của pháp luật; quy định thẩm quyền và trách nhiệm của người đứng đầu tổ chức, đơn vị trực thuộc...
Cơ cấu tổ chức cơ quan thuộc Chính phủ gồm: 1- Ban; 2- Văn phòng; 3- Các tổ chức sự nghiệp khác trực thuộc (nếu có).
Các Ban hoạt động theo chế độ thủ trưởng, không có con dấu riêng, có thể có phòng trực thuộc và được quy định cụ thể tại Nghị định của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của từng cơ quan thuộc Chính phủ.
Văn phòng có con dấu riêng; cơ cấu tổ chức của Văn phòng có phòng hoặc đội.
Số lượng cấp phó của người đứng đầu các tổ chức quy định nêu trên không quá 3 người. Trong trường hợp đặc biệt, nếu tổ chức trực thuộc có tên gọi khác, Chính phủ sẽ xem xét, quyết định cho phù hợp với chức năng, nhiệm vụ của từng cơ quan thuộc Chính phủ.
Người đứng đầu cơ quan thuộc Chính phủ do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm; chịu trách nhiệm về mọi mặt hoạt động của cơ quan thuộc Chính phủ trước Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và trước pháp luật.
Cấp phó của người đứng đầu do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm trên cơ sở đề nghị của người đứng đầu; có trách nhiệm giúp người đứng đầu chỉ đạo, giải quyết một số lĩnh vực công tác và chịu trách nhiệm trước người đứng đầu và trước pháp luật về nhiệm vụ được phân công. Nhiệm vụ của cấp phó do người đứng đầu phân công.
Số lượng cấp phó của người đứng đầu cơ quan thuộc Chính phủ không quá 4 người. Trong trường hợp do sáp nhập cơ quan thuộc Chính phủ hoặc do yêu cầu điều động, luân chuyển của cơ quan có thẩm quyền, số lượng cấp phó có thể nhiều hơn nhưng không quá 5 người và do Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định.
Người đứng đầu cơ quan thuộc Chính phủ không ban hành văn bản quy phạm pháp luật.