Việc mua sắm thuốc được Bệnh viện áp dụng theo kết quả đấu thầu tập trung của Sở Y tế năm 2014-2015. Trong giai đoạn chờ kết quả đấu thầu tập trung, Bệnh viện mua sắm trực tiếp theo các văn bản hướng dẫn của Sở Y tế. Tuy nhiên, giá trị thuốc thực hiện mua sắm còn thấp, chỉ chiếm 58%-63% so với kế hoạch phê duyệt, riêng dược liệu chỉ đạt 31%.
Theo giải trình của Bệnh viện, đầu năm 2014 do nợ tiền thuốc nên một số Công ty không giao biệt dược, phải sử dụng thuốc generic thay thế có giá rẻ hơn nhiều lần. Năm 2015, Bệnh viện dự trù thuốc ung thư nhưng không mua do chưa đủ điều kiện thanh toán bảo hiểm y tế.
Đối với dược liệu, một số thuốc chờ kết quả kiểm nghiệm của Viện Kiểm nghiệm thuốc theo Bản kiểm tra ngày 15/7/2015 của Cục quản lý Y Dược cổ truyền nên Bệnh viện không mua, chuyển sang sử dụng thuốc thành phẩm.
Mặt khác, do chưa hạch toán chi tiết, mở sổ theo dõi, chưa đối chiếu giữa các bộ phận như: Nhập kho theo dõi nợ, thanh toán nợ, hạch toán kế toán, nên giữa báo cáo tài chính và tổng số nợ chi tiết có chênh lệch chưa xác định nguyên nhân, đối tượng.
Theo báo cáo tài chính của khoa Dược, Bệnh viện Nguyễn Tri Phương đến ngày 31/12/2015, số nợ (gồm: thuốc, vật tư y tế, vật tư văn phòng) mà Bệnh viện này phải trả cho nhà cung cấp là hơn 127,5 tỷ đồng. Thế nhưng kết quả thống kê tiền nợ chi tiết là gần 114,6 tỷ đồng.
Vậy bệnh viện đã báo cáo sai gần 13 tỷ đồng. Chính xác là đến ngày 31/12/2015, Bệnh viện vẫn chưa đối chiếu được công nợ gần 13 tỷ đồng này là đang nợ ai. Theo báo cáo của Bệnh viện, đến ngày 31/12/2015, số lượng công ty dược đã đối chiếu là 72%, vật tư y tế là 69%.
Tình trạng này cũng đã kéo dài từ nhiều năm trước đó. Cụ thể, đến ngày 31/8/2014, tổng số nợ chi tiết (thuốc, vật tư…) thấp hơn báo cáo tài chính là gần 20,8 tỷ đồng. Bệnh viện có đối chiếu công nợ với nhà cung cấp vào cuối năm nhưng chưa đầy đủ nên công nợ chưa đảm bảo chính xác.
Bệnh viện còn chậm thanh toán công nợ tiền thuốc cho các công ty do các năm 2012-2013 Bệnh viện đã mượn tiền thuốc, vật tư để chi thu nhập cho cán bộ, viên chức vượt chênh lệch thu chi trong năm, dẫn đến nợ thuốc không nguồn quyết toán gần 103 tỷ đồng.
Tính đến ngày 31/12/2014, nợ tiền thuốc, vật tư các Công ty hơn 134 tỷ đồng. Trong đó, 50% là nợ quá hạn và nợ thuốc không có nguồn quyết toán khoảng 67 tỷ đồng. Đến ngày 31/12/2015, nợ tiền thuốc, vật tư các Công ty hơn 127 tỷ đồng. Trong đó, 28% là nợ quá hạn và nợ thuốc không có nguồn quyết toán khoảng 45 tỷ đồng.
Không những thế, khoa Dược, Bệnh viện Nguyễn Tri Phương còn nhiều sai phạm trong theo dõi xuất thuốc, thanh quyết toán thuốc; thực hiện các quy chế chuyên môn về dược và quy định quản lý thuốc gây nghiện, thuốc hướng thần và tiền chất dùng làm thuốc…
Ông Nguyễn Tấn Bỉnh, Giám đốc Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh cho rằng, một số nhân sự ở khoa Dược có quan hệ gia đình là chị, em, vợ, chồng được phân công vị trí công việc có mối liên hệ như kế toán - phụ trách kho; kế toán - cấp phát, đây là yếu tố nguy cơ phát sinh tiêu cực. Việc phân công công việc cho các dược sĩ chưa rõ ràng, hoạt động kiêm nhiệm, nhiều giai đoạn công việc còn chồng chéo nên dễ phát sinh sai sót, khó quy trách nhiệm cá nhân.
Sở Y tế Thành phố Hồ Chí Minh kết luận, các tồn tại, sai phạm trong tổ chức và hoạt động ở Bệnh viện Nguyễn Tri Phương đã gián tiếp gây ra việc thất thoát thuốc được ghi nhận là trách nhiệm của nguyên Giám đốc bệnh viện - ông Nguyễn Thi Hùng để xảy ra tình trạng này từ trước ngày 3/9/2014, ông Võ Đức Chiến - Giám đốc Bệnh viện từ ngày 3/9/2014, bà Trương Thị Mỹ Linh - Trưởng khoa Dược và các dược sĩ có liên quan theo sự phân công của Trưởng khoa Dược.
Ngoài ra, trách nhiệm này còn thuộc về Trưởng phòng Tài chính kế toán qua các thời kỳ trong việc chưa phối hợp với khoa Dược. Sở Y tế đã giao Phòng Tổ chức cán bộ Sở Y tế sẽ tiến hành xem xét trách nhiệm của người đứng đầu Bệnh viện ngay khi có kết luận của cơ quan Công an hoặc Quyết định có hiệu lực của Tòa án nhân dân đối với vụ việc mất thuốc tại Khoa Dược Bệnh viện.