Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn phối hợp cùng các đơn vị chuyên ngành và các địa phương đang triển khai nhiều chương trình, dự án nhằm kiểm soát ô nhiễm, quản lý và xử lý chất thải khu vực nông thôn.
Bộ đã triển khai Chương trình sản xuất khí sinh học (KSH) nhằm xử lý chất thải trong chăn nuôi. Dự án được triển khai trên 16 tỉnh, thành phố, với mức hỗ trợ tối thiểu 1,2 triệu đồng/công trình KSH và cho vay ưu đãi để nông dân xây dựng công trình KSH. Nhờ có chính sách hỗ trợ tích cực trên, đến nay đã có hơn 600.000 công trình KSH được xây dựng và 10% số hộ dân sử dụng KSH phục vụ nhu cầu cuộc sống và giảm thiểu ô nhiễm môi trường.
Các mô hình thu gom và xử lý chất thải cũng được triển khai hiệu quả tại một số địa phương như: Thanh Trì (Hà Nội), Bắc Ninh, Bắc Giang, Hưng Yên, Nam Định..., và đang được mở rộng ra phạm vi cả nước. Hiện có khoảng 30 – 40% số xã ở nông thôn đã có tổ chức dịch vụ thu gom rác thải, trong đó chủ yếu là các tổ thu gom tự quản, một số ít địa phương thành lập các hợp tác xã dịch vụ môi trường...
Đi đầu trong việc ứng dụng những mô hình công nghệ sạch và sản xuất sạch là các doanh nghiệp chế biến thủy sản, tiếp đến là các nhà máy đường, chế biến lâm sản và cà phê. Đến nay đã có 114 cơ sở đầu tư hệ thống xử lý chất thải, gắn với sử dụng công nghệ sạch; 16 doanh nghiệp đã xây dựng và áp dụng tiêu chuẩn ISO 14001.
Dự kiến trong giai đoạn 2011 – 2015 sẽ có 59 cơ sở đầu tư xây dựng áp dụng tiêu chuẩn ISO 14001 trong sản xuất.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cũng đang chỉ đạo xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật, các tiêu chuẩn phục vụ sản xuất các sản phẩm an toàn theo VietGAP đối với rau, quả, chè và thủy sản.
Hoàng Tùng