Theo thông tin ban đầu, vào thời điểm trên, tàu SE9 lưu thông theo hướng Hà Nội - Thành phố Hồ Chí Minh khi đến Km 1143+210 thuộc thôn Long Nguyên, xã Xuân Long đã va chạm vào bà Trịnh Thị Phượng, sinh năm 1955, thường trú xã Xuân Lãnh, khiến bà Phượng tử vong.
Chủ tịch Ủy ban nhân dân xã Xuân Lãnh Nguyễn Hữu Duy cho biết: Ngay sau xảy ra tai nạn, tàu SE9 đã dừng lại để phối hợp với lực lượng chức năng của hai xã Xuân Lãnh, Xuân Long lập biên bản hiện trường vụ việc, bàn giao thi thể bà Trịnh Thị Phượng về địa phương mai táng. Nguyên nhân ban đầu vụ tai nạn được xác định do bà Trịnh Thị Phượng không quan sát, chạy băng qua đường sắt và va vào hông toa tàu khi đoàn tàu đang di chuyển.
Sau khi hoàn thành các thủ tục cần thiết, đến 16 giờ cùng ngày, tàu SE9 đã tiếp tục hành trình.