Ban Chỉ đạo được thành lập theo Quyết định số 56/QĐ-TTg ngày 11/1/2018 của Thủ tướng Chính phủ do Thủ tướng Chính phủ làm Trưởng ban. Ban Chỉ đạo có chức năng giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều phối giải quyết các vấn đề quan trọng, liên ngành trong quá trình thành lập, xây dựng và phát triển của các đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt; có các nhiệm vụ, quyền hạn quy định tại Điều 2 Quyết định số 56/QĐ-TTg ngày 11/1/2018 của Thủ tướng Chính phủ.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan Thường trực Ban Chỉ đạo. Bộ thành lập Tổ giúp việc Ban Chỉ đạo, trong đó có sự tham gia của đại diện Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Văn phòng Chính phủ, Bộ Nội vụ, Bộ Tư pháp và một số bộ, cơ quan liên quan. Các thành viên trong bộ máy giúp việc của Ban Chỉ đạo hoạt động theo chế độ kiêm nhiệm.
Ban Chỉ đạo làm việc theo chế độ đề cao trách nhiệm cá nhân của lãnh đạo Ban Chỉ đạo. Lãnh đạo Ban Chỉ đạo quyết định các vấn đề thông qua các hình thức tổ chức họp Ban Chỉ đạo hoặc lấy ý kiến và báo cáo bằng văn bản.
Các bộ, ngành, địa phương có trách nhiệm hỗ trợ, phối hợp với Ban Chỉ đạo để thực hiện các nhiệm vụ của Ban Chỉ đạo.