Quy chế quy định nguyên tắc, chế độ làm việc, trách nhiệm của thành viên, Cơ quan Thường trực, Tổ Tư vấn giúp việc cho Ban Chỉ đạo; chế độ thông tin, báo cáo của Ban Chỉ đạo.
Theo Quy chế, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của thành viên Ban Chỉ đạo thực hiện theo Quyết định số 1143/QĐ-TTg về thành lập Ban Chỉ đạo xây dựng, thực hiện Đề án chủ trương đầu tư đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam và các dự án đường sắt quan trọng quốc gia.
Trưởng ban, Phó Trưởng ban và các thành viên Ban Chỉ đạo làm việc theo chế độ kiêm nhiệm. Ban Chỉ đạo làm việc theo nguyên tắc tập trung, dân chủ, thảo luận công khai, bảo đảm sự chỉ đạo thống nhất, đề cao trách nhiệm của Trưởng ban; Trưởng ban là người quyết định cuối cùng đối với các vấn đề của Ban Chỉ đạo; Phó Trưởng ban được quyết định một số vấn đề cụ thể theo phân công, ủy quyền của Trưởng ban. Các thành viên Ban Chỉ đạo chịu trách nhiệm thực hiện công việc được phân công và chủ động chỉ đạo cơ quan chức năng triển khai các nhiệm vụ thuộc ngành, lĩnh vực quản lý nhà nước được giao để xây dựng, thực hiện Đề án chủ trương đầu tư đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam và các dự án đường sắt quan trọng quốc gia.
Ban Chỉ đạo họp định kỳ 3 tháng/1 lần và họp bất thường theo quyết định của Trưởng ban. Ngoài việc họp trực tiếp, Cơ quan Thường trực Ban Chỉ đạo có thể lấy ý kiến bằng văn bản của thành viên Ban Chỉ đạo, tổng hợp, báo cáo Trưởng ban xem xét, quyết định.
Nội dung cuộc họp định kỳ tập trung đánh giá tình hình thực hiện nhiệm vụ xây dựng, thực hiện Đề án chủ trương đầu tư đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam và các dự án đường sắt quan trọng quốc gia; đề xuất, xử lý các vấn đề khó khăn, vướng mắc trong quá trình xây dựng, tổ chức thực hiện; báo cáo, kiến nghị cấp có thẩm quyền giải quyết những vấn đề vượt thẩm quyền của Ban Chỉ đạo.
Căn cứ tình hình thực tế và yêu cầu nhiệm vụ từng thời điểm, Cơ quan Thường trực Ban Chỉ đạo có thể đề xuất mời các tổ chức, chuyên gia, nhà khoa học, nhà tài trợ tham dự cuộc họp Ban Chỉ đạo.
Thành viên Ban Chỉ đạo có trách nhiệm báo cáo Trưởng ban tình hình triển khai nhiệm vụ, hoạt động được phân công tại Kế hoạch xây dựng, thực hiện Đề án chủ trương đầu tư đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam và các dự án đường sắt quan trọng quốc gia hoặc báo cáo đột xuất theo yêu cầu của Trưởng ban, đồng thời chủ động báo cáo những vấn đề phát sinh trong quá trình thực hiện nhiệm vụ.
Bộ Giao thông vận tải là Cơ quan Thường trực Ban Chỉ đạo có trách nhiệm tổ chức triển khai thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của Ban Chỉ đạo; là đầu mối cung cấp thông tin, số liệu, tài liệu nghiên cứu về Đề án chủ trương đầu tư đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam và các dự án đường sắt quan trọng quốc gia phục vụ cho công việc của Ban Chỉ đạo và quy định của pháp luật. Cơ quan Thường trực Ban Chỉ đạo chuẩn bị tài liệu, báo cáo và dự thảo thông báo kết luận của các cuộc họp định kỳ hoặc đột xuất; tổng hợp, báo cáo các hoạt động chung của Ban Chỉ đạo; tham gia các cuộc họp và chương trình công tác của Ban Chỉ đạo; đôn đốc việc thực hiện các nhiệm vụ do Ban Chỉ đạo giao các bộ, ngành và thành viên Ban Chỉ đạo...