Thực hiện Kế hoạch số 141/KH-BCĐTKNQ18 ngày 06/12/2024 của Ban chỉ đạo Chính phủ tổng kết việc thực hiện Nghị quyết số 18-NQ/TW về định hướng sắp xếp, tinh gọn cơ cấu tổ chức của Chính phủ, Bộ Y tế đã trình Chính phủ ban hành Nghị định số 42/2025/NĐ-CP Ngày 27/02/2025 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Y tế.
Đồng thời Bộ Y tế đã ban hành Quyết định số 827/QĐ-BYT ngày 10/3/2025 về việc tiếp nhận 10 đơn vị trực thuộc Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội về Bộ Y tế quản lý.
Danh sách các đơn vị đã thay đổi tên và cơ cấu tổ chức:
1. Cục Bảo trợ xã hội, Bộ Y tế (trên cơ sở hợp nhất Cục Phòng, chống tệ nạn xã hội và Cục Bảo trợ xã hội thuộc Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội).
2. Cục Phòng bệnh, Bộ Y tế (trên cơ sở sáp nhập Cục Quản lý Môi trường Y tế, Cục Phòng, chống HIV/AIDS và Cục Y tế dự phòng thuộc Bộ Y tế).
3. Cục Bà mẹ và Trẻ em, Bộ Y tế (trên cơ sở hợp nhất Vụ Sức khỏe Bà mẹ -Trẻ em thuộc Bộ Y tế và Cục Trẻ em thuộc Bộ Lao động-Thương binh và Xã hội).
4. Cục Hạ tầng và Thiết bị y tế, Bộ Y tế (được đổi tên từ Cục Cơ sở hạ tầng và Thiết bị y tế Bộ Y tế.
6. Bệnh viện Chỉnh hình và Phục hồi chức năng Đà Nẵng, Bộ Y tế.
7. Bệnh viện Chỉnh hình và Phục hồi chức năng Quy Nhơn, Bộ Y tế.
8. Bệnh viện Chỉnh hình và Phục hồi chức năng thành phố Hồ Chí Minh, Bộ Y tế.
9. Bệnh viện Chỉnh hình và Phục hồi chức năng Cần Thơ, Bộ Y tế.
10. Trung tâm Phục hồi chức năng người khuyết tật Thụy An, Bộ Y tế.
11.Trung tâm Điều dưỡng - Phục hồi chức năng tâm thần Việt Trì, Bộ Y tế.
12. Trung tâm Điều dưỡng, phục hồi chức năng - Trợ giúp trẻ em và Hỗ trợ người khuyết tật, Bộ Y tế.
13. Quỹ Bảo trợ trẻ em Việt Nam.
14. Văn phòng Làng trẻ em SOS Việt Nam.