Theo đó, Tổng cục Thuế là tổ chức thuộc Bộ Tài chính, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ Tài chính quản lý nhà nước về các khoản thu nội địa trong phạm vi cả nước, bao gồm: thuế, phí và các khoản thu khác của ngân sách Nhà nước (thuế); tổ chức quản lý thuế theo quy định của pháp luật.
Tổng cục Thuế có nhiệm vụ tổ chức quản lý thuế theo quy định của pháp luật: Hướng dẫn, giải thích chính sách thuế của Nhà nước; tổ chức công tác hỗ trợ người nộp thuế thực hiện nghĩa vụ nộp thuế theo quy định của pháp luật; hướng dẫn, chỉ đạo, kiểm tra, giám sát và tổ chức thực hiện quy trình nghiệp vụ về đăng ký thuế, cấp mã số thuế, kê khai thuế, tính thuế, nộp thuế, hoàn thuế, khấu trừ thuế, miễn thuế, xóa nợ tiền thuế, tiền phạt và các nghiệp vụ khác có liên quan.
Bên cạnh đó, Tổng cục Thuế có nhiệm vụ quyết định hoặc trình cấp có thẩm quyền quyết định việc miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, gia hạn thời hạn nộp hồ sơ khai thuế, gia hạn thời hạn nộp thuế, xóa tiền nợ thuế, tiền phạt thuế; bồi thường thiệt hại cho người nộp thuế; giữ bí mật thông tin của người nộp thuế; xác nhận việc thực hiện nghĩa vụ thuế của người nộp thuế khi có đề nghị theo quy định của pháp luật;...
Tổng cục Thuế được áp dụng các biện pháp hành chính để đảm bảo thực thi pháp luật về thuế: yêu cầu người nộp thuế cung cấp sổ kế toán, hóa đơn, chứng từ và hồ sơ tài liệu khác có liên quan đến việc tính thuế, nộp thuế; yêu cầu tổ chức tín dụng, các tổ chức và cá nhân khác có liên quan cung cấp tài liệu và phối hợp với cơ quan thuế trong công tác quản lý thuế; ấn định thuế, truy thu thuế; thực hiện các biện pháp cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế để thu tiền thuế nợ, tiền phạt vi phạm hành chính thuế....
Tổng cục Thuế được tổ chức thành hệ thống dọc từ Trung ương đến địa phương, bảo đảm nguyên tắc tập trung thống nhất. Cơ quan Tổng cục Thuế ở Trung ương gồm: Vụ Chính sách; Vụ pháp chế; Vụ Dự toán thu thuế; Vụ Tuyên truyền - Hỗ trợ người nộp thuế; Vụ Kê khai và Kế toán thuế; Vụ Quản lý nợ và Cưỡng chế nợ thuế; Vụ Thanh tra - Kiểm tra thuế; Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp lớn; Vụ Quản lý thuế Doanh nghiệp nhỏ và vừa và Hộ kinh doanh, cá nhân; Vụ Hợp tác Quốc tế; Vụ Kiểm tra nội bộ; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Tài vụ - Quản trị; Văn phòng; Cục Công nghệ Thông tin; Trường Nghiệp vụ Thuế; Tạp chí Thuế.
Về cơ quan Thuế ở địa phương, Cục Thuế ở các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương theo đơn vị hành chính cấp tỉnh (Cục Thuế cấp tỉnh) trực thuộc Tổng cục Thuế; Chi cục Thuế ở các quận, huyện, thị xã, thành phố; Chi cục Thuế khu vực (Chi cục Thuế cấp huyện) trực thuộc Cục Thuế cấp tỉnh.
Tổng cục Thuế có Tổng cục trưởng và không quá 4 Phó Tổng cục trưởng theo quy định. Tổng cục trưởng, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế do Bộ trưởng Bộ Tài chính bổ nhiệm, miễn nhiệm và cách chức theo quy định của pháp luật.