Dự thảo Thông tư quy định chi tiết việc thu, nộp lợi nhuận sau thuế còn lại sau khi trích lập các quỹ đối với công ty mẹ của các tập đoàn kinh tế nhà nước, công ty mẹ của các tổng công ty nhà nước, công ty mẹ trong nhóm công ty mẹ - công ty con, công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên độc lập do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ; thu, nộp cổ tức và lợi nhuận được chia cho phần vốn Nhà nước tại các công ty cổ phần, công ty trách nhiệm hữu hạn hai thành viên trở lên có vốn góp của Nhà nước do các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, địa phương làm đại diện chủ sở hữu.
Theo đó, lợi nhuận sau thuế còn lại sau khi trích lập các quỹ nộp ngân sách nhà nước của doanh nghiệp quy định là lợi nhuận được xác định theo quy định của pháp luật về kế toán (đã được trừ đi các khoản chi không được trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp nhưng phù hợp với quy định của pháp luật về kế toán) sau khi bù đắp lỗ năm trước theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp, trích Quỹ phát triển khoa học và công nghệ theo quy định của pháp luật, trừ số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp theo quy định của pháp luật thuế, trừ đi các khoản phân phối, trích lập các quỹ theo quy định của pháp luật về quản lý, sử dụng vốn Nhà nước đầu tư vào sản xuất, kinh doanh tại doanh nghiệp.
Về phân chia ngân sách nhà nước, dự thảo nêu rõ, lợi nhuận sau thuế còn lại sau khi trích lập các quỹ nộp ngân sách nhà nước, cổ tức, lợi nhuận được chia cho phần vốn nhà nước tại doanh nghiệp do các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ làm đại diện chủ sở hữu được phân chia 100% cho ngân sách Trung ương.
Doanh nghiệp thực hiện nộp vào tài khoản thu ngân sách nhà nước mở tại Sở Giao dịch kho bạc nhà nước Trung ương. Căn cứ thông tin hạch toán thu ngân sách nhà nước do Kho bạc Nhà nước truyền sang, Tổng cục Thuế thông báo cho cơ quan thuế trực tiếp quản lý người nộp thuế để thực hiện kế toán theo dõi thu nộp thuế đối với người nộp thuế và lập báo cáo kế toán thuế.
Lợi nhuận sau thuế còn lại sau khi trích lập các quỹ nộp ngân sách nhà nước của doanh nghiệp địa phương; cổ tức, lợi nhuận được chia cho phần vốn nhà nước của công ty cổ phần, công ty trách nhiệm hữu hạn hai thành viên trở lên có vốn góp của Nhà nước do địa phương làm đại diện chủ sở hữu được phân chia 100% cho ngân sách địa phương. Doanh nghiệp thực hiện nộp vào tài khoản thu ngân sách nhà nước mở tại kho bạc nhà nước tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính.
Dự thảo cũng chỉ rõ, việc khai nộp và xử lý vi phạm về nộp lợi nhuận sau thuế còn lại sau khi trích lập các quỹ của doanh nghiệp do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ và nộp cổ tức, lợi nhuận được chia cho phần vốn nhà nước của công ty cổ phần, công ty trách nhiệm hữu hạn hai thành viên trở lên có vốn góp của Nhà nước do các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, địa phương làm đại diện chủ sở hữu, thực hiện theo quy định của Luật Quản ký thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành.