Theo ông Thành Xuân Lý, mức phạt tiền đối với các hành vi vi phạm thủ tục thuế, hóa đơn hiện thấp hơn so với mức phạt tiền của các hành vi cùng lĩnh vực tương tự như hải quan; phí, lệ phí; kế toán…Ví dụ, hành vi không nộp hồ sơ đăng ký (thuế, phí, lệ phí, giá) trong lĩnh vực thuế chỉ bị phạt tiền từ 800.000 đồng đến 2 triệu đồng, trong khi lĩnh vực phí và lệ phí bị phạt từ 3 đến 5 triệu đồng, còn lĩnh vực giá thì bị phạt từ 10 đến 15 triệu đồng.
Đối với tổ chức, cá nhân có hành vi khai sai, khai không đầy đủ hồ sơ trong lĩnh vực thuế chỉ bị phạt từ 400.000 đồng đến 3 triệu đồng, trong khi vi phạm ở lĩnh vực hải quan bị phạt từ 500.000 đồng đến 40 triệu đồng; lĩnh vực phí, lệ phí và giá bị phạt từ 1 đến 3 triệu đồng, còn lĩnh vực kế toán bị phạt thấp nhất là 5 triệu đồng và cao nhất đến 30 triệu đồng. Hay như hành vi vi phạm thời hạn nộp hồ sơ khai giá bị phạt từ 5 đến 10 triệu đồng, trong khi chậm nộp hóa đơn chỉ bị phạt cao nhất là 4 triệu đồng và thấp nhất là 2 triệu đồng.
“Mức xử phạt vi phạm hành chính đối với hành vi vi phạm hành chính thuế, hóa đơn có thể coi là khá thấp. Mức phạt này được ban hành từ năm 2013, đến nay đã lạc hậu, cần phải tăng lên. Hơn nữa, theo quy định của Luật Xử phạt vi phạm hành chính thì hành vi vi phạm hải quan, thủ tục thuế có thể bị phạt tiền đến 100 triệu đồng đối với cá nhân và 200 triệu đồng đối với tổ chức, gấp nhiều lần mức khung phạt tối đa theo Nghị định 129/2013/NĐ-CP là từ 400.000 đồng đến 10 triệu đồng”, đại diện Vụ Pháp chế nói.
Một số chuyên gia trong lĩnh vực thuế cho rằng: Một trong những nguyên nhân dẫn đến tình trạng vi phạm pháp luật hành chính thuế, hóa đơn mỗi năm một tăng là mức phạt tiền thấp nên chưa đảm bảo tính phòng ngừa, răn đe và chưa đủ nghiêm khắc để người nộp thuế, người sử dụng hóa đơn nâng cao ý thức chấp hành pháp luật thuế.
Trong bối cảnh ngành thuế triển khai kê khai thuế qua mạng với số lượng doanh nghiệp khai thuế qua mạng đã đạt gần như tuyệt đối (trên 99%); thủ tục hành chính thuế được cải cách giảm từ 420 giờ xuống còn 117 giờ/năm, nhằm cải thiện môi trường kinh doanh, tạo điều kiện thuận lợi cho người nộp thuế kê khai, nộp thuế, thì cần quy định tăng chế tài xử phạt đối với hành vi vi phạm thủ tục thuế như hành vi chậm nộp hồ sơ khai thuế, hành vi khai không đủ hoặc khai sai trên hồ sơ khai thuế… để nâng cao ý thức chấp hành pháp luật thuế của người nộp thuế.
Riêng đối với xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn, hiện ngành thuế đang đẩy mạnh áp dụng hóa đơn điện tử và hóa đơn điện tử có mã xác thực thay thế dần hóa đơn giấy truyền thống, nên các quy định xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn theo Nghị định 109/2013/NĐ-CP không còn phù hợp, cần phải có quy định mới.