Về diễn biến của vụ án, Trung tâm LPSD là tổ chức khoa học công nghệ, chuyên nghiên cứu khoa học và triển khai các đề tài, đề án, dự án thuộc lĩnh vực pháp luật và chính sách phát triển bền vững. Trung tâm hoạt động theo mô hình doanh nghiệp, có tư cách pháp nhân, con dấu, tài khoản và hoạt động theo phương thức hạch toán độc lập.
Đặng Đình Bách được bổ nhiệm là Giám đốc Trung tâm từ năm 2013. Bách thuê Hoàng Thị Thu Trang (sinh năm 1986) làm kế toán. Đến năm 2020, Trang nghỉ việc. Các nhân viên làm việc tại Trung tâm có tính chất thời vụ.
Quá trình hoạt động, Bách liên hệ với các tổ chức nước ngoài, đàm phán nhận các khoản tiền tài trợ để triển khai các chương trình, dự án. Tuy nhiên, khi nhận tài trợ, Trung tâm LPSD không làm thủ tục xin phê duyệt, không được các cơ quan có thẩm quyền phê duyệt theo quy định.
Trung tâm sử dụng 5 tài khoản tại 3 ngân hàng. Từ năm 2016 - 2020, Trung tâm đã nhận số tiền hơn 10 tỷ đồng từ các tổ chức trong nước và nước ngoài thanh toán hợp đồng dịch vụ, tài trợ cho Trung tâm. Cơ quan tố tụng xác định, Đặng Đình Bách có hành vi trốn thuế hơn 1,38 tỷ đồng.
Tại phiên phúc thẩm, Đặng Đình Bách tiếp tục phủ nhận việc trốn thuế, cho rằng kế toán của Trung tâm tự ý thực hiện hành vi trên.
Trên cơ sở xét hỏi công khai tại phiên phúc thẩm, căn cứ lời khai, tài liệu, chứng cứ, Tòa phúc thẩm nhận định, đủ cơ sở để kết luận hành vi phạm tội của bị cáo Đặng Đình Bách. Bị cáo Bách là Giám đốc Trung tâm, chịu trách nhiệm trước pháp luật về hoạt động của Trung tâm. Bách biết các khoản tiền mà Trung tâm LPDS nhận được cũng như số liệu báo cáo cơ quan thuế nên biết rõ về số tiền để ngoài sổ sách, không nộp hồ sơ khai thuế theo quy định.
Hội đồng xét xử phúc thẩm kết luận, việc Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội tuyên bị cáo phạm tội trốn thuế là đúng người, đúng tội, không oan, hành vi của bị cáo đã xâm phạm quy định nhà nước trong lĩnh vực thuế... Bên cạnh đó, bị cáo phạm tội trong thời gian dài, nhiều lần, quá trình tố tụng không thành khẩn khai báo. Tòa sơ thẩm đã xem xét đầy đủ tình tiết tăng nặng, giảm nhẹ, tuyên 5 năm tù đối với bị cáo Bách là phù hợp, tương xứng với hành vi phạm tội.
Do không đưa ra được tình tiết mới, lại không thành khẩn khai báo, ăn năn hối lỗi, Tòa phúc thẩm đã tuyên phạt y án sơ thẩm 5 năm tù đối với bị cáo Đặng Đình Bách về tội “Trốn thuế”. Về dân sự, Tòa tuyên bị cáo có trách nhiệm nộp hơn 1,38 tỷ đồng tiền trốn thuế.