Trong phần tranh luận, nhóm luật sư bào chữa cho bị cáo Nguyễn Anh Tuấn (Phó trưởng Phòng Kiểm toán 3, thẩm định viên Công ty Kiểm toán A&C - Chi nhánh Hà Nội) cho rằng, thân chủ của mình không phải là chủ thể của tội danh mà cáo trạng truy tố và đề nghị Hội đồng xét xử tuyên bị cáo Tuấn không phạm tội.
Về quan điểm này, đại diện Viện Kiểm sát khẳng định, hình phạt từ 24 - 30 tháng tù mà Viện Kiểm sát đưa ra đối với bị cáo Nguyễn Anh Tuấn là đã nhìn nhận thấu đáo và đặt bị cáo Tuấn trong tổng thể của vụ án, phân hóa rõ vị trí, vai trò của bị cáo để cho được hưởng tối đa các tình tiết giảm nhẹ của “người phạm tội thành khẩn khai báo, ăn năn hối cải”.
Song tại phần tranh luận, Nguyễn Anh Tuấn lại đồng ý với lời bào chữa của hai luật sư là đề nghị Hội đồng xét xử tuyên bị cáo không phạm tội. Công tố viên phân tích, như vậy, Nguyễn Anh Tuấn đã không thừa nhận hành vi phạm tội, không nhận thức được sai phạm của mình. Vì vậy, đại diện Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử không áp dụng tình tiết giảm nhẹ thành khẩn đối với bị cáo Tuấn, đồng thời cân nhắc mức hình phạt đối với bị cáo Tuấn cao hơn bị cáo Nguyễn Ngọc Tuyến (cựu Kiểm toán viên Công ty Kiểm toán A&C - Chi nhánh Hà Nội, nay là Phó Tổng Giám đốc Công ty Trách nhiệm hữu hạn hãng kiểm toán và định giá ASCO) cùng mức án đề nghị của Viện Kiểm sát là từ 24 - 30 tháng tù, nhằm đảm bảo tính khách quan và công bằng trong xét xử.
Theo công tố viên, căn cứ vào các tài liệu, chứng cứ, căn cứ vào lời khai của các bị cáo tại phiên tòa, có thể khẳng định Nguyễn Anh Tuấn và các bị cáo khác biết rõ các khoản nợ phải thu do do Cienco 1 cung cấp ban đầu là phù hợp với thực tế, nhưng sau đó chấp nhận số liệu đã chỉnh sửa do Cienco 1 cung cấp, cố ý không thực hiện đúng quy trình xác định giá trị doanh nghiệp, giúp sức cho các bị cáo ở Cienco 1 loại bỏ khoản nợ phải thu với số tiền gần 185 tỷ đồng ra khỏi giá trị doanh nghiệp trái quy định của pháp luật, gây thất thoát, lãng phí cho Nhà nước gần 240 tỷ đồng. Trong vụ án này, đại diện Viện Kiểm sát xác định vai trò của Nguyễn Anh Tuấn là đồng phạm với các bị cáo khác. Kết quả đấu tranh công khai tài phiên tòa không có tình tiết gì mới và cũng không làm thay đổi kết quả điều tra vụ án.
Do vậy, đại diện Viện Kiểm sát khẳng định cáo trạng truy tố các bị cáo, trong đó có Nguyễn Anh Tuấn về tội danh “Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí” là đúng người, đúng tội, đúng quy định của pháp luật.