Năm bị can trong vụ án này gồm: Trần Văn Tiên (sinh năm 1980, trú tại phường Phú Hữu, thành phố Thủ Đức, Thành phố Hồ Chí Minh), Phạm Mạnh Hùng (sinh năm 1992, trú tại xã Khánh Cường, huyện Yên Khánh, tỉnh Ninh Bình), Phạm Cao Quyền (sinh năm 1992, trú tại phường Hòa Thạnh, quận Tân Phú, Thành phố Hồ Chí Minh) bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội “Mua bán trái phép hóa đơn” theo quy định tại Điều 203, khoản 2, điểm d, đ - Bộ luật Hình sự. Nguyễn Thanh Sơn (sinh năm 1963, trú tại phường Nam Bình, thành phố Ninh Bình, tỉnh Ninh Bình), Lê Hồng Sơn (sinh năm 1973, trú tại phường Đông Thành, thành phố Ninh Bình, tỉnh Ninh Bình) bị Viện Kiểm sát truy tố về tội “Trốn thuế” theo quy định tại Điều 200, khoản 3 - Bộ luật Hình sự.
Theo cáo trạng, Công ty Cổ phần dược phẩm Megamed (gọi tắt là Công ty Megamed) có địa chỉ tại huyện Phúc Thọ, Hà Nội, do Mạc Thế Tạo (sinh năm 1984, ở huyện Kinh Môn, tỉnh Hải Dương) làm Giám đốc, đại diện theo pháp luật.
Ngày 25/11/2022, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an thành phố Hà Nội nhận được tin báo tố giác về tội phạm của Cục thuế thành phố Hà Nội về việc Công ty Megamed có phát sinh giao dịch nhập, trả hàng số lượng lớn; phát sinh chi phí dịch vụ nhân công, quảng cáo... với 5 công ty đã có thông báo bỏ địa chỉ kinh doanh gồm: Công ty Trách nhiệm hữu hạn Vạn Gia (Vạn Gia), Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thương mại dịch vụ Safetech Việt Nam (Safetech Việt Nam), Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thương mại dịch vụ LKT (LKT), Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thương mại Dương Ngân (Dương Ngân) và Công ty Trách nhiệm hữu hạn Thương mại dịch vụ Logicstics Thuận Phát (Logicstics Thuận Phát); Công ty Megamed có dấu hiệu tạo lập các hóa đơn chứng từ chi không có thật để hạch toán, kê khai thuế.
Qua điều tra, đã xác định: Từ năm 2019 đến năm 2020, Trần Văn Tiên đã sử dụng pháp nhân của Công ty Vạn Gia, Công ty Safetech Việt Nam và thuê Phạm Mạnh Hùng bán 90 tờ hóa đơn giá trị gia tăng, tổng giá trị hàng hóa hơn 52 tỷ đồng cho Công ty Megamed với chi phí mua bán hóa đơn khoảng 2% giá trị hàng hóa và hưởng lợi số tiền khoảng 300 triệu đồng. Bị can Trần Văn Tiên đã tự nguyện nộp số tiền hưởng lợi là 50 triệu đồng.
Từ tháng 1/2023 đến tháng 7/2023, Phạm Mạnh Hùng và Phạm Cao Quyền đã sử dụng pháp nhân của Công ty Hồng Đức và Công ty Newday để trung gian bán tổng số 42 tờ hóa đơn giá trị gia tăng, tổng giá trị hàng hóa trước thuế là hơn 128 tỷ đồng cho Công ty mỏ Đông Bắc và Công ty Khánh Linh, chi phí mua bán hóa đơn khoảng 3% giá trị hàng hóa, Quyền hưởng lợi khoảng 300 triệu đồng và Hùng hưởng lợi khoảng 300 triệu đồng. Bị can Phạm Mạnh Hùng tự nguyên nộp số tiền hưởng lợi là 20 triệu đồng, bị can Phạm Cao Quyền tự nguyện nộp số tiền hưởng lợi là 50 triệu đồng.
Nguyễn Thanh Sơn là Giám đốc Công ty Khánh Linh đã mua, sử dụng trái phép 23 tờ hóa đơn giá trị gia tăng của Công ty Hồng Đức và Công ty Newday để hạch toán, kê khai hàng hóa đầu vào là than các loại nhằm mục đích trốn thuế với số tiền gần 4,5 tỷ đồng. Bị can Nguyễn Thanh Sơn đã tự nguyện nộp số tiền khắc phục hậu quả là 960 triệu đồng.
Lê Hồng Sơn là Giám đốc Công ty mỏ Đông Bắc đã mua, sử dụng trái phép 19 tờ hóa đơn giá trị gia tăng của Công ty Hồng Đức để hạch toán, kê khai hàng hóa đầu vào là than các loại nhằm mục đích trốn thuế với số tiền gần 7,8 tỷ đồng.
Đối với hành vi mua sử dụng hóa đơn giá trị gia tăng của Mạc Thế Tạo (giám đốc Công ty Megamed), cơ quan điều tra xác định: Để hợp thức chứng từ cho một số dịch vụ của công ty, từ năm 2019 đến năm 2020, Mạc Thế Tạo đã mua, kê khai hóa đơn giá trị gia tăng bất hợp pháp.
Cụ thể, Công ty Megamed đã mua và sử dụng 90 tờ hóa đơn giá trị gia tăng của Công ty Vạn Gia và Công ty Safetech Việt Nam thông qua Phạm Mạnh Hùng để hạch toán hàng hóa đầu vào với tổng giá trị hơn 52 tỷ đồng. Ngoài ra, Công ty Megamed còn mua và sử dụng 65 tờ hóa đơn giá trị gia tăng để hạch toán hàng hóa đầu vào với tổng giá trị 45 tỷ đồng của 3 Công ty: LKT, Dương Ngân và Logicstics Thuận Phát. Tổng số tiền trốn thuế giá trị gia tăng là hơn 5 tỷ đồng.
Tính đến thời điểm trưng cầu giám định, số tiền trốn thuế giá trị gia tăng nêu trên đã được Công ty Megamed khắc phục và nộp vào ngân sách Nhà nước nên Cơ quan điều tra không xem xét xử lý hình sự đối với Mạc Thế Tạo về tội “Trốn thuế”.