29 bị can bị truy tố trong vụ án này đều trú tại thôn Hoành và thôn Đồng Mít, xã Đồng Tâm, huyện Mỹ Đức. Trong đó, 25 bị can bị Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội truy tố về tội “Giết người” theo quy định tại Điều 123, khoản 1, điểm a, d, n, o - Bộ luật Hình sự năm 2015, gồm: Lê Đình Công, Bùi Viết Hiểu, Nguyễn Văn Tuyển, Lê Đình Chức, Lê Đình Doanh, Nguyễn Quốc Tiến, Nguyễn Văn Quân, Lê Đình Uy, Lê Đình Quang, Bùi Thị Nối, Bùi Thị Đục, Nguyễn Thị Bét, Nguyễn Thị Lụa, Trần Thị La, Bùi Văn Tiến, Nguyễn Văn Duệ, Lê Đình Quân, Bùi Văn Niên, Bùi Văn Tuấn, Trình Văn Hải, Nguyễn Xuân Điều, Mai Thị Phần, Đào Thị Kim, Lê Thị Loan và Nguyễn Văn Trung.
Bốn bị can còn lại gồm: Lê Đình Hiển, Bùi Viết Tiến, Nguyễn Thị Dung và Trần Thị Phượng bị Viện Kiểm sát nhân dân thành phố Hà Nội truy tố về tội “Chống người thi hành công vụ” theo quy định tại Điều 330, khoản 2, điểm a - Bộ luật Hình sự năm 2015.
Theo cáo trạng, mặc dù biết rõ đất cánh đồng Sênh ở xã Đồng Tâm (huyện Mỹ Đức, Hà Nội) là đất quốc phòng đã được Thanh tra thành phố Hà Nội và Thanh tra Chính phủ kết luận, các cơ quan chức năng thành phố Hà Nội và Trung ương đã tổ chức đối thoại với nhân dân xã Đồng Tâm để người dân hiểu và yêu cầu nhân dân thực hiện đúng quy định của pháp luật, nhưng từ năm 2013, Lê Đình Kình (sinh năm 1936, trú tại thôn Hoành, xã Đồng Tâm, Mỹ Đức, Hà Nội) đã cùng Lê Đình Công, Nguyễn Viết Hiểu, Nguyễn Văn Tuyển và một số đối tượng tại địa bản xã Đồng Tâm đã thành lập “Tổ đồng thuận” với mục đích chiếm lại đất đồng Sênh chia nhau.
Các đối tượng này thường xuyên lôi kéo, kích động quần chúng nhân dân khiếu kiện phức tạp về việc quản lý, sử dụng đất của chính quyền xã Đồng Tâm; sử dụng mạng xã hội tuyên truyền đất đồng Sênh là của xã Đồng Tâm; đồng thời kêu gọi người dân xã Đồng Tâm “đấu tranh để giữ đất”.
Từ năm 2017 đến đầu năm 2020, Kình đã chỉ đạo “Tổ đồng thuận” và nhiều đối tượng khác gây ra nhiều vụ việc như: Vụ gây rối trật tự công cộng xảy ra ngày 1/3/2017 và ngày 7/3/2017 tại thôn Hoành; vụ bắt giữ người trái pháp luật, cố ý làm hư hỏng tài sản ngày 15/4/2017 tại thôn Hoành, vụ gây rối ngày 28/6/2018 tại Kỳ họp thứ 8 Hội đồng nhân dân xã Đồng Tâm khóa XIX nhiệm kỳ 2016 - 2021 làm cuộc họp phải dừng lại; vụ gây rối ngày 15/4/2018 tại Nhà văn hóa thôn Hoành khi Ủy ban nhân dân xã Đồng Tâm tổ chức Chương trình khám bệnh, phát thuốc cho hộ nghèo, hộ khó khăn, người cao tuổi, người khuyết tật; vụ gây rối ngày 3/12/2018 tại hội trường Ủy ban nhân dân xã Đồng Tâm khi đang diễn ra Hội nghị đại biểu Hội đồng nhân dân huyện Mỹ Đức tiếp xúc cử tri; vụ lăng mạ, chửi bới, đe dọa ông Trịnh Văn Hòa (sinh năm 1962; trú tại xóm 4, thôn Hoành, xã Đồng Tâm, huyện Mỹ Đức, Hà Nội) xảy ra ngày 1/4/2018 với lý do ông Hòa nhận tiền hỗ trợ đi di dời đồng Sênh; vụ gây rối ngày 26/11/2019 tại Phòng tiếp dân Ủy ban nhân dân xã Đồng Tâm.
Khi biết thông tin Công an thành phố Hà Nội phối hợp với Quân chủng Phòng không - Không quân (Bộ Quốc phòng) triển khai bảo vệ lực lượng thi công xây dựng tường rào Sân bay Miếu Môn trên đất đồng Sênh, Lê Đình Kình đã cùng với Lê Đình Công, Bùi Viết Hiểu, Nguyễn Văn Tuyển, Nguyễn Quốc Tiến, Đào Thị Kim, Lê Đình Quang, Bùi Văn Tiến, Lê Đình Uy, Trần Thị La, Lê Thị Loan, Mai Thị Phần, Bùi Thị Nối, Bùi Thị Đục, Nguyễn Thị Lụa và Nguyễn Thị Bét… góp tiền mua 10 quả lựu đạn, mua xăng làm 85 chai bom xăng, mua khoảng 10 tuýp sắt có gắn dao bầu và liềm, nhặt gạch đá, làm bùi nhùi, mua pháo… nhằm tấn công lực lượng chức năng.
Lê Đình Kình cùng với Công, Hiển, Tuyển tổ chức quay video, ghi hình trực tiếp và đăng tải các video clip trên mạng xã hội, mạng Internet; đồng thời nhóm này tuyên bố nếu cơ quan công an đưa lực lượng đến Đồng Tâm thì sẽ tiêu diệt từ 300 người đến 500 người.
Đầu tháng 1/2020, khi biết lực lượng Công an thành phố Hà Nội sẽ về xã Đồng Tâm, Kình đã cùng nhiều đối tượng tổ chức họp tại nhà Kình vào các ngày 6, 7 và 8/1/2020 để chỉ đạo chống đối, sát hại lực lượng công an. Chiều 8/1/2020, theo chỉ đạo của Kình, Công đã yêu cầu đồng bọn mang các hung khí gồm tuýp sắt có gắn dao bầu, gắn liềm, bom xăng, các bao chứa gạch đá tập trung tại nhà Kình để tấn công lại lực lượng công an.
Rạng sáng 9/1/2020, khi lực lượng công an đến chốt cổng làng thôn Hoành, xã Đồng Tâm (cách nhà Kình khoảng 50 mét) để bảo vệ mục tiêu theo kế hoạch đã đề ra thì Bùi Văn Niên và Lê Đình Quân đánh kẻng báo động. Công cùng Uy, Nguyễn Quốc Tiến bắn pháo sáng báo hiệu và bắn pháo về phía lực lượng chức năng; đồng thời cùng với Lê Đình Chức, Lê Đình Doanh, Nguyễn Văn Quân, Lê Đình Quang, Bùi Thị Nối, Bùi Thị Đục, Nguyễn Thị Bét, Nguyễn Thị Lụa, Trần Thị La, Bùi Văn Tiến, Nguyễn Xuân Duệ, Lê Đình Quân, Bùi Văn Tuấn, Trịnh Văn Hải, Nguyễn Xuân Điều và Nguyễn Văn Trung đứng trên mái nhà dùng gạch đá, bom xăng, dao bầu tấn công lực lượng công an.
Tổ công tác đã nhiều lần dùng loa kêu gọi các đối tượng dừng ngay các hành vi vi phạm pháp luật nhưng các đối tượng không dừng lại mà càng chống đối quyết liệt. Chức và Công đã sử dụng lựu đạn ném về phía Tổ công tác đang thực hiện nhiệm vụ nhưng không nổ.
Theo sự phân công, lực lượng công an gồm các đồng chí: Nguyễn Huy Thịnh, Phạm Công Huy, Dương Đức Hoàng Quân và nhiều người khác triển khai kế hoạch đột nhập, bắt giữ các đối tượng về hành vi phạm tội quả tang. Khi các đồng chí Thịnh, Huy và Quân di chuyển để sang mái nhà Lê Đình Chức thì Chức dùng tuýp sắt gắn dao bầu chọc từ trên xuống, các đối tượng khác ném bom xăng, gạch đá nên 3 người đã rơi xuống hố ở gần nhà Lê Đình Kình. Lúc đó, Chức bảo Doanh đổ xăng từ can ra chậu để Chức đổ xuống hố nơi các đồng chí Thịnh, Huy và Quân rơi xuống và châm lửa đốt. Hậu quả là cả 3 người tử vong do ngạt khí và cháy than hóa toàn thân.
Khi Tổ công tác áp sát phòng ngủ tầng 1 nhà Lê Đình Kình thì một đối tượng dùng tuýp sắt gắn dao bầu ném ra và một đối tượng ném 1 quả lựu đạn nhưng không nổ. Tổ công tác phá khóa cửa ngách nhà Lê Đình Kình thì phát hiện Lê Đình Kình đang cầm 1 quả lựu đạn và hô hào chống đối nên đã sử dụng súng bắn tiêu diệt.
Tổ công tác đã lập biên bản bắt người có hành vi phạm quả tang đối với các đối tượng: Lê Đình Công, Bùi Viết Hiểu, Nguyễn Văn Tuyển, Lê Đình Doanh, Lê Đình Uy, Nguyễn Quốc Tiến, Lê Đình Quang, Nguyễn Văn Quân, Bùi Văn Tiến, Bùi Văn Tuấn, Trịnh Văn Hải, Lê Đình Quân, Bùi Văn Niên, Bùi Thị Nối, Trần Thị La, Nguyễn Văn Duệ, Nguyễn Thị Bét, Nguyễn Xuân Điều, Nguyễn Thị Lụa và Bùi Thị Đục về hành vi vi “Giết người”.
Trong lúc lộn xộn, Nguyễn Văn Trung đã bỏ chạy và trốn thoát; đến ngày 20/4/2020, Trung bị bắt theo Lệnh truy nã của Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an thành phố Hà Nội về tội “Giết người”. Lê Đình Chức bị thương tích nặng được lực lượng công an đưa đi cấp cứu và điều trị tại Bệnh viện Quân y 103; đến ngày 21/1/2020, Chức bị Cơ quan điều tra bắt tạm giam về tội “Giết người”. Đối với Mai Thị Phần, ngày 13/1/2020, Phần bị Cơ quan điều tra bắt, giữ khẩn cấp về hành vi “Giết người” với vai trò giúp sức Lê Đình Công và đồng phạm. Lê Thị Loan bị Cơ quan điều tra khởi tố bị can về tội “Giết người”, sau đó Loan bỏ trốn đến ngày 30/3/2020 thì bị bắt theo Lệnh truy nã.
Cùng trong thời điểm rạng sáng 9/1/2020, khi lực lượng Công an đang triển khai làm nhiệm vụ tại khu vực Trường Trung học cơ sở xã Đồng Tâm và khu vực ao cá Bác Hồ ở thôn Hoành, xã Đồng Tâm, thì Lê Đình Hiển, Bùi Viết Tiến, Nguyễn Thị Dung đã chửi bới và dùng dao, dùng liềm tấn công Tổ công tác và bị lực lượng công an bắt giữ. Hai đối tượng: Đào Thị Kim, Trần Thị Phượng rủ nhau đi chống đối, lăng mạ lực lượng công an đang thi hành công vụ, nhặt đá ném và cầm dao chém về phía các chiến sỹ công an; sau đó cả 2 bỏ chạy, trốn thoát. Đến ngày 11/1/2020 thì Kim và Phượng đến cơ quan công an đầu thú.
Kết quả điều tra xác định, Lê Đình Kình cùng với các bị can: Lê Đình Công, Bùi Viết Hiểu, Nguyễn Văn Tuyển và Nguyễn Quốc Tiến giữ vai trò chủ mưu, cầm đầu, vừa chỉ đạo các bị can khác, vừa trực tiếp thực hiện hành vi tội phạm giết người.
Các bị can: Lê Đình Chức, Lê Đình Doanh, Lê Đình Uy là những người tham gia tích cực và trực tiếp thực hiện tội phạm giết người.
Các bị can: Nguyễn Văn Quân, Lê Đình Quang, Bùi Thị Nối, Bùi Thị Đục, Trần Thị La, Nguyễn Văn Duệ, Nguyễn Thị Bét, Nguyễn Xuân Điều, Nguyễn Thị Lụa, Đào Thị Kim, Lê Đình Quân, Bùi Văn Tiến, Bùi Văn Tuấn, Trịnh Văn Hải, Bùi Văn Niên, Mai Thị Phần, Lê Thị Loan và Nguyễn Văn Trung bị Lê Đình Kình, Lê Đình Công và Bùi Viết Hiểu xúi giục, lôi kéo, kích động nên đã tham gia đồng phạm về tội “Giết người” với vai trò giúp sức.
Các bị can: Lê Đình Hiển, Bùi Viết Tiến, Nguyễn Thị Dung và Trần Thị Phượng bị lôi kéo, kích động nên đã tham gia chống đối lực lượng công an, phạm vào tội “Chống người thi hành công vụ”.
Cơ quan điều tra đã kết luận hành vi của Lê Đình Kình cấu thành tội "Giết người", tuy nhiên do Lê Đình Kình đã chết vào rạng sáng hôm xảy ra vụ án, nên cơ quan điều tra không đề cập xử lý.