Trước khi tuyên án, Hội đồng xét xử làm rõ các tình tiết mới liên quan đến số tiền khắc phục hậu quả. Theo thông tin tại phiên tòa, trong giai đoạn nghị án, một số bị cáo đã nộp thêm số tiền khắc phục hậu quả nên Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử quay lại phần xét hỏi để làm rõ các tài liệu này.
Cụ thể, bị cáo Vũ Như Khuê (nguyên Giám đốc Ban điều hành liên danh gói thầu số 1) đã nộp 300 triệu đồng; Cao Hừng Đông (nguyên Phó giám đốc Ban điều hành liên danh gói thầu số 1) đã nộp 300 triệu đồng; Đỗ Tấn Nam (nguyên Giám đốc Ban điều hành của Công ty Tuấn Lộc thi công gói thầu số 4) đã nộp 200 triệu đồng; Nguyễn Hồng Phước (nguyên Giám đốc Ban điều hành liên danh gói thầu số 7) đã nộp 100 triệu đồng. Trước đó, bị cáo Nguyễn Mạnh Cường (nguyên Phó giám đốc Ban điều hành liên danh gói thầu số 1) đã nộp 200 triệu đồng. Theo đó, đối với những bị cáo đã khắc phục từ 100 triệu đồng trở lên, Viện Kiểm sát đề nghị Hội đồng xét xử xem xét, giảm hình phạt cho các bị cáo nêu trên. Sau khi thảo luận, chủ tọa Mai Anh Tài tuyên chấp nhận một phần kháng cáo của 5 bị cáo đã nộp tiền nêu trên, đồng ý giảm nhẹ hình phạt cho những người này.
Tuyên án phúc thẩm, Hội đồng xét xử cho biết tại phiên tòa phúc thẩm các bị cáo đều giữ nguyên kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt, xin giảm nhẹ trách nhiệm bồi thường, xin hủy bỏ lệnh kê biên tài sản và đề nghị Tòa xem xét những tài liệu, chứng cứ mới được giao nộp tại phiên tòa. Theo Hội đồng xét xử, các bị cáo đều thừa nhận như hành vi bị quy kết. Mỗi bị cáo giữ một vai trò trong từng khâu, từng giai đoạn nhưng đã không thực hiện đúng quy định của chủ đầu tư, để xảy ra sai phạm, gây thiệt hại đặc biệt lớn; các bị cáo phạm tội có tính chất đồng phạm.
Với các bị cáo thuộc nhóm Ban quản lý dự án, bị cáo Hoàng Việt Hưng (Giám đốc Ban quản lý dự án đường cao tốc Đà Nẵng-Quảng Ngãi) là người ký biên bản nghiệm thu cơ sở, cùng các bị cáo khác gây thiệt hại và phải cùng chịu trách nhiệm về số tiền thiệt hại 811 tỉ đồng. Tuy nhiên, bị cáo có nhiều thành tích trong công tác, nhiều giấy khen nên đã được cấp sơ thẩm đánh giá toàn diện. Các bị cáo ở nhà thầu thi công đã cùng gây thiệt hại số tiền lớn nên cần phải liên đới chịu trách nhiệm...
Xét kháng cáo xin giảm nhẹ hình phạt, Hội đồng xét xử nhận thấy các bị cáo đều không có tình tiết tăng nặng, đều là những người có nhân thân tốt, vi phạm lần đầu. Một số bị cáo khác xuất trình thêm các tình tiết mới chưa được cấp sơ thẩm xem xét; các bị cáo đều tích cực nộp tiền và Hội đồng xét xử ghi nhận tình tiết mới này.
Trên cơ sở đánh giá mức độ, vai trò và nhân thân của các bị cáo đã khắc phục hậu quả, Hội đồng xét xử nhận thấy có cơ sở xem xét giảm nhẹ hình phạt như đề nghị của Viện Kiểm sát. Từ những phân tích nêu trên, Hội đồng xét xử cấp phúc thẩm quyết định giảm nhẹ một phần hình phạt cho một số bị cáo. Cụ thể, bị cáo Vũ Như Khuê 4 năm 3 tháng tù (sơ thẩm 5 năm), Cao Hừng Đông 3 năm 3 tháng (sơ thẩm 4 năm), Đỗ Tấn Nam 3 năm (sơ thẩm 3 năm 6 tháng), Nguyễn Hồng Phước 2 năm 6 tháng (sơ thẩm 3 năm), Nguyễn Mạnh Cường 3 năm 3 tháng (sơ thẩm 4 năm). Đối với các bị cáo kháng cáo còn lại, Hội đồng xét xử tuyên y án sơ thẩm.
Cụ thể các bị cáo y án sơ thẩm gồm: Hoàng Việt Hưng (Giám đốc Ban quản lý dự án đường cao tốc Đà Nẵng-Quảng Ngãi) 8 năm 6 tháng tù; Lê Nhiều (Phó giám đốc Ban quản lý dự án đường cao tốc Đà Nẵng-Quảng Ngãi, nguyên Giám đốc gói thầu số 1, số 2, số 3B) 4 năm 6 tháng tù; Quản Trọng Tuấn (nguyên Giám đốc Ban điều hành liên danh gói thầu số 3B) 30 tháng tù; Nguyễn Văn Cảnh (nguyên Giám đốc Ban điều hành của Công ty Thăng Long thi công gói thầu số 4) 3 năm tù; Vũ Dũng (nguyên Giám đốc Ban điều hành của Tổng công ty Sông Đà thi công gói thầu số 4) 24 tháng tù treo; Đào Văn Hoành (nguyên Giám đốc Ban điều hành của Tổng công ty Sông Đà thi công gói thầu số 4) 30 tháng tù treo; Lương Chung Dũng (nguyên Chỉ huy trưởng phụ trách thi công của Công ty Thành Phát tại gói thầu số 5) 30 tháng tù; Hoàng Trung Hậu (nguyên Kỹ sư nhà thầu tư vấn giám sát dự án đường cao tốc Đà Nẵng-Quảng Ngãi) 3 năm tù; Nguyễn Tấn Chánh (nguyên Kỹ sư nhà thầu tư vấn giám sát dự án đường cao tốc Đà Nẵng-Quảng Ngãi) 24 tháng tù; Lê Công Bằng (nguyên Kỹ sư nhà thầu tư vấn giám sát dự án đường cao tốc Đà Nẵng-Quảng Ngãi) 5 năm tù; Quách Văn Phúc (nguyên Kỹ sư nhà thầu tư vấn giám sát dự án đường cao tốc Đà Nẵng-Quảng Ngãi) 3 năm tù; Phan Doãn Giang (nguyên Kỹ sư nhà thầu tư vấn giám sát dự án đường cao tốc Đà Nẵng-Quảng Ngãi) 3 năm 6 tháng tù; Đào Trọng Hiếu (nguyên Kỹ sư nhà thầu tư vấn giám sát dự án đường cao tốc Đà Nẵng-Quảng Ngãi) 3 năm tù; Phạm Văn Bảo (nguyên Kỹ sư nhà thầu tư vấn giám sát dự án đường cao tốc Đà Nẵng-Quảng Ngãi) 30 tháng tù. Các bị cáo cùng bị tuyên phạt về tội "Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng".