Hội đồng xét xử đã tuyên phạt các bị cáo: Phan Quốc Khải 20 năm tù về tội tham ô, 1 năm tháng 6 tù về tội lập quỹ trái phép, tổng hợp hình phạt 21 năm 6 tháng tù; Mạc Huỳnh An (37 tuổi, nguyên Kế toán trưởng) 17 năm tù về tội tham ô, 1 năm 6 tháng tù về tội lập quỹ trái phép, tổng hợp hình phạt 18 năm 6 tháng tù; Nguyễn Hoàng Khanh (42 tuổi, nguyên Thủ quỹ) 3 năm tù; Nguyễn Khánh Linh (36 tuổi, nguyên kế toán) 2 năm tù và Nguyễn Văn Nuôi (44 tuổi, nhân viên Phòng Tổ chức - Hành chính) 2 năm 6 tháng tù về tội tham ô.
Theo cáo trạng, năm 2016 - 2018, Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau có thu từ các nguồn, như: Cho thuê máy đào; lãi ngân hàng; cho thuê mặt bằng đặt trạm phát sóng di động và tồn quỹ từ năm trước đưa sang hơn 22 triệu đồng... Tổng các nguồn trên hơn 452 triệu đồng.
Theo quy định, các khoản thu nêu trên phải nộp ngân sách nhà nước. Việc thu, chi phải đưa vào sổ sách kế toán của Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau, báo cáo quyết toán với Sở Tài chính. Tuy nhiên, Phan Quốc Khải chỉ đạo không đưa vào sổ sách kế toán mà chi theo chỉ đạo của mình.
Kết luận giám định tài chính của Sở Tài chính, Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau đã lập hai hệ thống sổ sách kế toán tài chính; tách rời sự kiểm soát của cơ quan tài chính; tự tạo phiếu thu chi; không ghi chép tiền thu chi vào sổ thu chi hoạt động của công đoàn; không xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ công đoàn cơ quan. Hành vi lập quỹ trái phép của Khải và An gây thiệt hại tài sản nhà nước 450 triệu đồng (còn tồn hơn 2 triệu đồng).
Cũng trong khoảng thời gian từ năm 2016 - 2018, Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau được Sở Tài chính hiệp y và cấp dự toán kinh phí xử phạt vi phạm hành chính hơn 683 triệu đồng. Trong đó, Trạm Bãi Bồi được cấp 241 triệu đồng; Hạt Kiểm lâm được cấp 367 triệu đồng; Phòng Kế hoạch - Tài chính được cấp 43 triệu đồng.
Trong đó, số tiền cấp cho Trạm Bãi Bồi và Hạt Kiểm lâm để mua nhiên liệu cho các phương tiện đi tuần tra, kiểm soát, quản lý, bảo vệ rừng trong công tác xử phạt vi phạm hành chính. Số tiền cấp cho Phòng Kế hoạch - Tài chính để chi tiền xăng cho cán bộ, công chức đơn vị tự túc bằng phương tiện cá nhân đi nộp tiền, rút tiền xử phạt vi phạm hành chính 3 lần/tháng (2 lần nộp tiền và 1 lần rút tiền) và chi sửa chữa tài sản.
Tuy nhiên, Phan Quốc Khải không công khai nguồn kinh phí cấp cho Trạm Bãi Bồi và Hạt Kiểm lâm, không cấp kinh phí cho 2 đơn vị này sử dụng.
Để lấy được tiền, Khải đã chỉ đạo Đặng Minh Lâm (Hạt phó Hạt Kiểm lâm) và Nguyễn Thanh Tuấn (Trạm trưởng Trạm Bãi Bồi) ký chứng từ thanh toán khống nguồn kinh phí xử phạt vi phạm hành chính.
Bên cạnh đó, Đặng Minh Lâm đã chỉ đạo cán bộ của Hạt ký chứng từ thanh toán khống trong 3 năm (2016 - 2018) với tổng số tiền 367 triệu đồng. Trong khi đó, Nguyễn Thanh Tuấn đã chỉ đạo cán bộ Trạm ký bộ chứng từ thanh toán khống trong 3 năm (2016 - 2018) với số tiền 241 triệu đồng.
Mặc khác, để hợp thức hóa hóa đơn mua nhiên liệu, Mạc Huỳnh An đã nhờ người mua (hoặc xin), người ký chứng từ thanh toán ký để bộ phận kế toán của Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau thanh toán khống nguồn kinh phí xử phạt vi phạm hành chính. Do đó, chứng từ thanh toán thể hiện nhiều bất hợp lý... Tổng số tiền thanh toán khống của Trạm Bãi Bồi và Hạt Kiểm lâm là 609 triệu đồng. Số tiền này, thủ quỹ Nguyễn Hoàng Khanh phải giao cho An. Sau đó, An chỉ đạo Khanh đưa cho Nguyễn Thanh Tuấn 20 triệu đồng và Đặng Minh Lâm 18 triệu đồng (cả 2 đã chi cho hoạt động phối hợp tuần tra bảo vệ rừng), còn lại 571 triệu đồng, Khải và An chia nhau chiếm đoạt.
Không dừng lại ở đó, bị cáo Phan Quốc Khải còn chỉ đạo các đơn vị trực thuộc như: Trạm, chốt, tàu tuần tra... chỉ nhận 50% kinh phí quản lý bảo vệ rừng, nhưng khi ký thanh toán phải ký đủ 100%.
Để thực hiện hành vi này, Phan Quốc Khải đã chỉ đạo cho Mạc Huỳnh An thanh toán khống số tiền giữ lại để cùng nhau chiếm đoạt hơn 4,582 tỷ đồng, qua đó nâng tổng số tiền mà Phan Quốc Khải và Mạc Huỳnh An chiếm đoạt gần 5,154 tỷ đồng.
Xác định vai trò của các bị cáo khác có liên quan trong vụ án, theo đó, Nguyễn Khánh Linh được xác định là không thực hiện đúng quy định của pháp luật tài chính kế toán mà thực hiện theo sự chỉ đạo của Phan Quốc Khải và Mạc Huỳnh An, qua đó lập chứng từ thanh toán khống nguồn kinh phí quản lý bảo vệ rừng và xử phạt vi phạm hành chính, giúp cho Phan Quốc Khải và Mạc Huỳnh An chiếm đoạt gần 5,154 tỷ đồng.
Bị cáo Nguyễn Hoàng Khanh không chi đúng, chi đủ và chi không đúng đối tượng, các nguồn kinh phí quản lý bảo vệ rừng và xử phạt vi phạm hành chính cho các đơn vị trực thuộc Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau mà thực hiện theo chỉ đạo của Phan Quốc Khải và Mạc Huỳnh An. Qua đó, bị cáo đã giữ lại tiền của những đơn vị này để đưa cho Khải và An, giúp cho cả hai chiếm đoạt khoảng 5,154 tỷ đồng. Ngoài ra, Khanh còn giữ lại của Trạm Bãi Bồi 280 triệu đồng để chiếm đoạt.
Riêng Nguyễn Văn Nuôi biết Mạc Huỳnh An thanh toán khống nguồn kinh phí quản lý bảo vệ rừng, nhưng vì có hưởng lợi nên bị cáo đã liên hệ với 6 doanh nghiệp kinh doanh bán xăng dầu để cung cấp cho bị cáo An 620 hóa đơn, nhằm thanh toán khống 50% nguồn kinh phí giữ lại, giúp Mạc Huỳnh An và nguyên Giám đốc Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau Phan Quốc Khải chiếm đoạt số tiền 5,154 tỷ đồng. Nguyễn Văn Nuôi hưởng lợi 227 triệu đồng.