Theo cáo trạng, Công ty vật tư vận tải và xếp dỡ (viết tắt là MTSCo) thành lập năm 1996, là doanh nghiệp Nhà nước hạch toán và hoạt động với tư cách pháp nhân độc lập; có quyền tự chủ trong sản xuất kinh doanh; trực tiếp ký kết và thực hiện hoặc ủy quyền cho đơn vị trực thuộc ký kết và thực hiện các hợp đồng kinh tế đã ký kết với khách hàng.
Các đơn vị sản xuất kinh doanh trực thuộc và có tư cách pháp nhân không đầy đủ, hạch toán phụ thuộc theo sự phân cấp ủy quyền của công ty, có tên đơn vị và có trụ sở riêng, có con dấu riêng… được ký kết các hợp đồng kinh tế và có thể được vay vốn ở ngân hàng theo sự phân cấp và ủy quyền của công ty.
Chi nhánh Công ty vật tư vận tải và xếp dỡ tại Hà Nội (viết tắt là CN.MTSCo.HN) là đơn vị trực thuộc MTSCo, có nhiệm vụ thực hiện các giao dịch và thực hiện các hợp đồng nhập khẩu, ủy thác nhập khẩu hàng hóa từ nước ngoài về phục vụ ngành than và các ngành công nghiệp khác. Trong thời gian từ tháng 5/2001 đến tháng 11/2001, Phạm Công Ngà (Giám đốc CN.MTSCo.HN) đại diện cho MTSCo và Lê Việt Dũng đại diện Công ty đầu tư và phát triển Hà Nội (viết tắt là Hapexco) đã cùng ký 3 hợp đồng để nhập khẩu phôi thép cho Hapexco.
Quá trình thực hiện các hợp đồng này, Phạm Công Ngà đã buông lỏng quản lý, không thực hiện đầy đủ nhiệm vụ của mình theo quy định về phân cấp quản lý của Công ty vật tư vận tải và xếp dỡ, các quy định trong Phương án kinh doanh đã được Giám đốc công ty phê duyệt và những nội dung quy định trong các điều khoản của hợp đồng như không bắt buộc Lê Việt Dũng đặt cọc 10% giá trị hợp đồng, không yêu cầu thế chấp 100% hàng hóa, không theo dõi, giám sát hàng hóa, dẫn đến việc Lê Việt Dũng bán hàng, thu tiền xong không thanh toán đầy đủ; không yêu cầu Dũng thực hiện đúng thời hạn thanh toán nhưng vẫn tiếp tục ký các hợp đồng ủy thác mới. Những sai phạm của Phạm Công Ngà dẫn đến việc Lê Việt Dũng chiếm đoạt hơn 62 tỷ đồng của MTSCo và bỏ trốn sang Mỹ.
Đến tháng 7/2003, Lê Việt Dũng mới nộp lại tiền và tài sản trị giá gần 45,5 tỷ đồng để khắc phục hậu quả. Hiện, thiệt hại còn gần 17 tỷ đồng chưa được khắc phục và MTSCo yêu cầu bị cáo Phạm Công Ngà có trách nhiệm bồi thường.