Hội đồng xét xử gồm 5 người: 2 thẩm phán, 3 hội thẩm quân nhân, do Trung tá Vũ Đức Việt làm Chủ tọa phiên tòa. Hai kiểm sát viên của Viện Kiểm sát quân sự Thủ đô Hà Nội được phân công thực hành quyền công tố tại phiên tòa.
Bảy bị cáo trong vụ án này bị Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương truy tố về các tội “Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ”, “Vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng”. Trong đó, Trịnh Thanh Hùng (sinh năm 1966, cựu Phó Vụ trưởng, Vụ Khoa học và Công nghệ các ngành kinh tế - kỹ thuật, Bộ Khoa học và Công nghệ); 2 người của Công ty cổ phần Công nghệ Việt Á là Phan Quốc Việt (sinh năm 1980, Tổng Giám đốc Công ty) và Vũ Đình Hiệp (sinh năm 1986, Phó Tổng Giám đốc Công ty). Những bị cáo còn lại đều thuộc Học viện Quân y, gồm: Hồ Anh Sơn (sinh năm 1976, cựu Thượng tá, Phó Giám đốc, Viện Nghiên cứu y dược học quân sự), Nguyễn Văn Hiệu (sinh năm 1967, cựu Đại tá, Trưởng phòng, Phòng trang bị - Vật tư), Ngô Anh Tuấn (sinh năm 1980, cựu Thiếu tá, Trưởng phòng, Phòng Tài chính), Lê Trường Minh (sinh năm 1982, cựu Thiếu tá, Trưởng Ban, Ban Hóa dược, Phòng Trang bị - Vật tư).
Để chuẩn bị cho phiên tòa, Hội đồng xét xử đã triệu tập đại diện Học viện Quân y (đến phiên tòa với tư cách là bị hại), Công ty Cổ phần công nghệ Việt Á (bị đơn dân sự) và nhiều người làm chứng. Ngoài ra, Tòa còn triệu tập nhiều người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan, trong đó có: Công ty Trách nhiệm hữu hạn khoa học Hợp Nhất, Cục Tài chính (Bộ Quốc phòng)…
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát Quân sự Trung ương, khi dịch COVID-19 xuất hiện ở nước ngoài và có nguy cơ cao lây lan vào Việt Nam, Ban Giám đốc Học viện Quân y có văn bản gửi Bộ Khoa học và Công nghệ về việc đề xuất nhiệm vụ phát triển kit chẩn đoán viêm phổi do virus Corona.
Do vụ lợi cá nhân, Trịnh Thanh Hùng đã thông đồng với Phan Quốc Việt và Hồ Anh Sơn để đưa Công ty Cổ phần công nghệ Việt Á (Công ty Việt Á) vào tham gia đề tài với vai trò là cơ quan phối hợp, sản xuất 20.000 test kit thử nghiệm, sau đó để Công ty Việt Á được cấp phép, sản xuất thương mại trái pháp luật bộ kit.
Cáo trạng đánh giá Hồ Anh Sơn là người lợi dụng chức vụ quyền hạn, vụ lợi cá nhân trong quá trình thực hiện nhiệm vụ. Cụ thể, Sơn đã thông đồng với Trịnh Thanh Hùng, Phan Quốc Việt trong việc không sử dụng quy trình nghiên cứu của Học viện Quân y để Công ty Việt Á sản xuất 20.000 test kit thử nghiệm theo nhiệm vụ đề tài. Một mặt, Sơn thực hiện yêu cầu của Hùng làm văn bản của Học viện Quân y đề nghị Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương đánh giá thử nghiệm kit của đề tài, nhưng mặt khác Hồ Anh Sơn lại thống nhất với Hùng và Phan Quốc Việt sử dụng kit của Việt Á cung cấp (không sản xuất theo quy trình nghiên cứu của Học viện Quân y) để đưa đi thử nghiệm, nghiệm thu đề tài trái pháp luật.
Trong số các bị cáo, Hồ Anh Sơn bị nhận định là người thực hành tích cực, được Phan Quốc Việt chi “bồi dưỡng” hơn 2,4 tỷ đồng.
Viện Kiểm sát còn xác định bị cáo Sơn còn là người lợi dụng chức vụ, quyền hạn, vụ lợi cá nhân trong việc mua, bán tăm bông, ống môi trường dán nhãn Viện nghiên cứu y dược học quân sự (Học viện Quân y) và cung cấp cho Việt Á để bán cho các cơ quan, tổ chức sử dụng phòng, chống dịch, qua đó được hưởng lợi trái phép hơn 2,1 tỷ đồng.