Đồng thời, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an ra quyết định khởi tố bị can, lệnh bắt tạm giam, lệnh khám xét đối với 12 bị can, trong đó có Châu Thị Mỹ Linh (Giám đốc Công ty cổ phần Yên Phước, trú tại quận 12, TP Hồ Chí Minh); Bùi Hữu Thanh và Bùi Hữu Giang, cùng trú tại phường Mạo Khê, thị xã Đông Triều, Quảng Ninh.
Kết quả điều tra xác định Châu Thị Mỹ Linh (Tổng Giám đốc Công ty cổ phần Yên Phước), cùng với Bùi Hữu Thanh, Bùi Hữu Giang là người điều hành Công ty TNHH Đông Bắc Hải Dương lên kế hoạch tổ chức đường dây khai thác, mua bán hàng triệu tấn than trái phép tại Mỏ than Minh Tiến tại xã Minh Tiến và xã Na Mao, huyện Đại Từ, tỉnh Thái Nguyên; thu lợi bất hợp pháp hàng trăm tỷ đồng.
Những người còn lại bị khởi tố có 9 bị can khác, gồm: Hà Anh Tuấn (nguyên Giám đốc Công ty Đông Bắc Hải Dương); Bùi Mạnh Cường (Phó Giám đốc Công ty TNHH Đông Bắc Hải Dương); Ngô Đăng Hải (Phó giám đốc Công ty TNHH Đông Bắc Hải Dương); Ngụy Quang Thuyên (nhân viên Công ty Cổ phần Yên Phước); Doãn Thị Định (nhân viên kế toán Công ty Cổ phần Yên Phước); Bùi Hữu Thương (quản lý bãi than thuộc Mỏ đá Núi Voi của Công ty TNHH Đông Bắc Hải Dương); Bùi Hữu Khoa (quản lý khai thác than của Công ty TNHH Đông Bắc Hải Dương); Đỗ Thị Luyến (nhân viên Công ty Cổ phần Yên Phước); Nguyễn Tuấn Anh (kinh doanh vận tải).
Sau khi Viện Kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn các quyết định và lệnh trên, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã thi hành các Quyết định và Lệnh trên đúng quy định pháp luật.
Quá trình điều tra vụ án, thực hiện ý kiến chỉ đạo của lãnh đạo Bộ Công an, C03 cũng phối hợp với Tổng cục Quản lý thị trường tiến hành kiểm tra các kho, bãi chứa than không rõ nguồn gốc của các doanh nghiệp kinh doanh than trên địa bàn thị xã Kinh Môn, tỉnh Hải Dương.
Hiện, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đang tiếp tục điều tra triệt để, mở rộng vụ án và áp dụng các biện pháp theo luật định để thu hồi tài sản cho Nhà nước.