Bị cáo Văn Kính Dương bị truy tố về 5 tội: "Sản xuất trái phép chất ma túy", "Mua bán trái phép chất ma túy", "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản", "Trốn khỏi nơi giam giữ", "Làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan, tổ chức". Người tình của Dương là Vũ Hoàng Anh Ngọc (tức "Ngọc Miu", sinh năm 1994) bị truy tố về tội "Tàng trữ trái phép chất ma túy".
Bốn bị cáo là Nguyễn Đức Kỳ Nam (anh họ Dương), Lê Văn Mang, Phạm Bảo Quân và Nguyễn Bá Thành bị truy tố về tội "Sản xuất trái phép chất ma túy". Ngoài ra, Mang và Quân còn bị truy tố về tội "Mua bán trái phép chất ma túy" cùng 4 bị cáo khác. Bị cáo còn lại Lê Hương Giang bị truy tố về tội “Vận chuyển trái phép chất ma túy”.
Tại phiên tòa chiều 14/5, sau khi xét hỏi và hội ý, Hội đồng xét xử đã quyết định trả hồ sơ, điều tra bổ sung. Cụ thể, tại tòa, ông Văn Trọng Thái (bố Dương) và bà Phạm Thị Yến (mẹ Dương) khai từ năm 2016 có gặp Dương và đưa Dương 4 tỷ đồng, do đó cần điều tra làm rõ việc ông Thái có là đồng phạm với Dương hay không, vì sao ông Thái biết Dương đã trốn trại nhưng không khai báo mà còn chuyển tiền?
Đối với hành vi trốn khỏi nơi giam, giữ của Văn Kính Dương có nhiều người tham gia, thuộc trường hợp có tổ chức, có bàn bạc trước kế hoạch. Vì thế, Tòa án nhân dân huyện Nghi Xuân (Thanh Hóa) đã xét xử kết án một số đối tượng từng giúp đỡ Dương theo Điểm a, Khoản 2, Điều 311 Bộ luật Hình sự năm 1999 về tội “Trốn khỏi nơi giam, giữ”. Nay Viện Kiểm sát nhân dân TP Hồ Chí Minh truy tố Dương theo Khoản 1 Điều 311; do đó cần làm rõ sự mâu thuẫn về điều khoản áp dụng trong việc truy tố Dương về tội này. Đồng thời, yêu cầu làm rõ bản án của Tòa án nhân dân huyện Nghi Xuân đối với Văn Kính Dương đã có hiệu lực hay chưa để làm căn cứ tổng hợp hình phạt.
Quá trình điều tra đã thu giữ một số hóa chất tại nhà và xưởng của các bị cáo. Tuy nhiên quá trình điều tra đã chứng minh các bị cáo không sử dụng các hóa chất này để sản xuất ma túy. Do đó cần điều tra xem các bị cáo sử dụng các hóa chất này để làm gì? Bên cạnh đó, cần làm rõ các hóa chất thu giữ được trong vụ án có giá trị như thế nào, còn sử dụng được hay không để truy thu hoặc tiêu hủy?
Cuối cùng, Hội đồng xét xử cũng yêu cầu điều tra làm rõ Ngọc có biết Dương và Giang, Huyền mua bán ma túy không; làm rõ số tiền từng bị cáo đã thu lợi bất chính để truy thu nộp vào ngân sách Nhà nước. Ngoài ra, đề nghị điều tra làm rõ hành vi của một số đối tượng liên quan để xử lý triệt để, tránh bỏ lọt tội phạm.
Thời điểm bị triệt phá (năm 2017), đây là vụ án sản xuất ma túy lớn nhất cả nước. Theo cáo trạng, sau khi cùng bốn bạn tù trốn khỏi trại giam Công an tỉnh Thanh Hóa vào rạng sáng 4/11/2010, Văn Kính Dương vào TP Hồ Chí Minh, lấy tên giả là Trần Ngọc Hiếu thuê một căn hộ ở khu dân cư cao cấp, biệt lập để lẩn trốn. Tháng 6/2016, Dương quen một đối tượng tên Tom (không rõ lai lịch) ở một vũ trường. Sau đó, Tom cùng Dương bàn bạc và thống nhất sản xuất ma túy đá cung cấp cho các đầu nậu; nguyên liệu sản xuất do Tom lo. Sau khi thỏa thuận, Dương chỉ đạo đồng bọn thuê biệt thự, mua hóa chất để nghiên cứu, pha trộn các hợp chất hóa học sản xuất ma túy đá. Để tránh bị phát hiện, nhóm Dương liên tục thay đổi địa điểm sản xuất, từ TP Hồ Chí Minh ra Nha Trang (Khánh Hòa) rồi về Đồng Nai. Mỗi lần di chuyển nơi sản xuất, nhóm Dương đều xóa dấu vết. Các chai lọ dùng để sản xuất, sau khi sử dụng xong Dương lệnh cho đàn em chở xuống Đồng Tháp phi tang.
Năm 2017, từ nguồn tin tố giác của quần chúng, Công an TP Hồ Chí Minh đã bắt trọn băng nhóm này. Kết quả điều tra xác định, quá trình sản xuất, Dương và đồng phạm thu được 124 kg ma túy tinh chất. Sau khi chia cho Tom 84 kg, còn lại nhóm Dương chế biến rồi ép thành gần 500.000 viên thuốc lắc (120 kg) ngụy trang trong các gói cà phê; trong đó, chúng đã tiêu thụ trót lọt 18 kg ở Hải Phòng. Số ma túy còn lại được cất giấu tại nơi ở và đưa cho đồng phạm giao cho khách nhưng chưa kịp tiêu thụ thì đường dây bị triệt phá.
Quá trình xét xử tại tòa, một số bị cáo thay đổi lời khai cho rằng không biết Dương sản xuất mua bán ma túy. Song, căn cứ vào số vật chứng thu giữ được cũng như lời khai của các bị cáo tại Cơ quan điều tra đã được Hội đồng xét xử công bố, đại diện Viện Kiểm sát nhận định là có đủ cơ sở xác định Dương và các bị cáo đã thực hiện hành vi phạm tội như cáo trạng. Đại diện Viện Kiểm sát đã đề nghị mức án tử hình đối với các bị cáo Dương, Nam, Mang, Quân, Giang và Nguyễn Đắc Huy. Bị cáo Vũ Hoàng Anh Ngọc bị đề nghị mức án 20 năm tù do bị cáo Ngọc đang nuôi con nhỏ và bố của con bị cáo là bị cáo Dương cũng bị truy tố trong vụ án. 3 bị cáo còn lại bị đề nghị mức án tù chung thân.