Theo cáo trạng, từ năm 2007 đến năm 2013, Nguyễn Thành Long cùng vợ là Trần Thị Ngọc Mai thành lập 4 công ty gồm: Công ty Tập đoàn Unet, Công ty Khoa học Unet, Công ty Cổ phần Media Lotus Việt Nam và Công ty Viễn thông Unet.
Ngày 6/8/2014, ông Mạc Anh Tuấn (Tổng Giám đốc Công ty Tập đoàn Unet) có văn bản gửi UBND tỉnh Đồng Nai đề nghị triển khai Đề án thẻ thanh toán học phí cho học sinh (School Cash Card- SCC).
Phúc đáp lại công văn của Tập đoàn Unet, 8/2014, UBND tỉnh Đồng Nai có công văn chỉ đạo Sở giáo dục và Đào tạo tỉnh làm việc với Công ty Tập đoàn Unet, báo cáo tham mưu đề xuất UBND tỉnh theo quy định hiện hành. Đề án này được Sở giáo dục và đào tạo ủng hộ vì phù hợp với chủ trương của Chính phủ về thanh toán không dùng tiền mặt...
Ngày 12/1/2015, UBND tỉnh Đồng Nai có văn bản chấp thuận về chủ trương cho Công ty Tập đoàn Unet thực hiện thí điểm Đề án thẻ học đường (School Cash Card – SCC) tại các cơ sở giáo dục trên địa bàn thành phố Biên Hòa.
Mặc dù mới được chấp thuận về mặt chủ trương, song ngày 29/1/2015, Trần Thị Ngọc Mai với tư cách Chủ tịch HĐQT Công ty khoa học Unet và ông Đào Đức Trinh, Phó Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Đồng Nai (không được Giám đốc Sở ủy quyền) đã ký Bản thỏa thuận hợp tác đầu tư về việc triển khai Đề án SCC.
Điều đáng nói, trong Đề án SCC không có dự án nước uống trường học. Đến tận ngày 15/10/2015, Trần Thị Ngọc Mai mới ký văn bản đề nghị UBND tỉnh Đồng Nai cho phép triển khai Dự án nước uống tinh khiết học đường nhưng không được phê duyệt.
Dù Dự án nước uống học đường không được các cấp có thẩm quyền là UBND tỉnh và Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Đồng Nai phê duyệt, nhưng vợ chồng Mai - Long đã thông qua Công ty Khoa học Unet và Media Lotus do cả hai làm Chủ tịch HĐQT, người đại diện theo pháp luật để thực hiện nhiều hành vi gian dối nhằm chiếm đoạt tiền của Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam (Agribank), chi nhánh Hoàn Kiếm.
Cụ thể, hai vợ chồng Mai - Long đã ký các tài liệu, giấy tờ thể hiện Dự án nước uống học đường được các cấp có thẩm quyền phê duyệt và Công ty Media Lotus là chủ đầu tư Dự án. Vợ chồng này còn làm hàng loạt "động tác giả" như ký kết các hợp đồng mua bán hàng hóa, hợp đồng thi công xây dựng, tư vấn thiết kế với nhiều đơn vị... rồi tìm đến Giám đốc Agribank chi nhánh Hoàn Kiếm để giao dịch.
Tuy nhiên, sau khi được ngân hàng giải ngân, Mai - Long không thực hiện các nghĩa vụ với các bên đã ký kết hợp đồng mà yêu cầu các đơn vị này thanh lý hợp đồng, chuyển trả lại số tiền mà ngân hàng đã giải ngân.
Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao xác định, trong vụ án này, Mai là kẻ chủ mưu, còn chồng Mai là đồng phạm tham gia giúp sức. Với thủ đoạn nói trên, vợ chồng Mai - Long đã chiếm đoạt của Agribank chi nhánh Hoàn Kiếm hơn 4,4 tỷ đồng để sử dụng vào mục đích cá nhân, không liên quan đến Dự án nước uống học đường.