Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân huyện Vân Canh, khoảng 7 giờ 30 ngày 11/4/2020, Tổ kiểm tra về công tác phòng, chống dịch COVID-19 của thị trấn Vân Canh (do ông Lê Văn Thanh, Phó Chủ tịch UBND thị trấn, làm tổ trưởng), kiểm tra quán cà phê Ba Cô Gái tại khu phố Tân Thuận (thị trấn Vân Canh) do Nguyễn Văn Thiện làm chủ. Khi thấy quán vẫn mở bán và rất nhiều người tụ tập uống cà phê, tổ công tác đã nhắc nhở và yêu cầu chủ quán chấp hành nghiêm Chỉ thị 16 của Thủ tướng Chính phủ về cách ly toàn xã hội và Chỉ thị số 08 của Chủ tịch UBND tỉnh Bình Định. Tuy nhiên, Thiện không chấp hành mà còn lớn tiếng lăng mạ, rồi cầm dao đuổi đánh các thành viên trong tổ kiểm tra.
Tổ kiểm tra đã báo cáo Chủ tịch UBND thị trấn Vân Canh Lê Hiếu Nam và Chủ tịch UBND thị trấn Vân Canh đã đến hiện trường để giải quyết nhưng ông Thiện vẫn không hợp tác, tiếp tục có lời xúc phạm tổ công tác. Trong lúc Tổ kiểm tra lập biên bản tại quán Thiện đã dùng ghế nhựa đánh công an viên Võ Thành Long, gây thương tích ở tay. Ngay sau đó, lực lượng Công an huyện Vân Canh đã khống chế, đưa Thiện về trụ sở làm việc. Cơ quan Cảnh sát điều tra (Công an huyện Vân Canh) đã khởi tố bị can đối với Nguyễn Văn Thiện về hành vi chống người thi hành công vụ.
Tại phiên tòa sơ thẩm, bị cáo Nguyễn Văn Thiện đã thừa nhận hành vi phạm tội của mình, đồng thời xin được nhận sự hưởng khoan hồng của pháp luật.
Theo đại diện Viện Kiểm sát nhân dân huyện Vân Canh, hành vi của Thiện gây nguy hiểm cho xã hội, xâm phạm trật tự quản lý hành chính, cản trở công vụ của Nhà nước, gây mất an ninh - trật tự tại địa phương, đi ngược lại chủ trương, chính sách chỉ đạo của Nhà nước về công tác phòng, chống dịch COVID-19 trong toàn xã hội nên cần phải xử lý nghiêm để răn đe giáo dục. Theo đó, Viện Kiểm sát nhân dân huyện Vân Canh đề nghị Tòa xử phạt Thiện từ 18 - 24 tháng tù.
Nguyễn Văn Thiện từng có 4 tiền án về tội cố ý gây thương tích và chấp hành xong hình phạt tù vào tháng 11/2016.