Mặc dù giấy phép hoạt động đã hết hiệu lực từ tháng 3/2016 nhưng Công ty Trách nhiệm hữu hạn khai thác vàng Bồng Miêu (gọi tắt là Công ty vàng Bồng Miêu) vẫn không dừng các hoạt động khai thác, chế biến vàng. Công ty này đã bị Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Quảng Nam lập biên bản vi phạm vào ngày 15/6/2016.
Ngày 16/6/2016, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Quảng Nam Huỳnh Khánh Toàn đã có văn bản yêu cầu Tổng Giám đốc Công ty vàng Bồng Miêu khẩn cấp dừng các biện pháp khai thác vàng và triển khai các biện pháp đảm bảo an toàn trong khu vực mỏ. Theo đó, UBND tỉnh Quảng Nam yêu cầu Tổng Giám đốc Công ty vàng Bồng Miêu dừng ngay các hoạt động khai thác vàng cho đến khi các cơ quan có thẩm quyền trả lời về gia hạn hoạt động dự án (điều chỉnh Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư); yêu cầu Công ty vàng Bồng Miêu khẩn trương vận chuyển vật liệu nổ ra khỏi khu vực khai thác, tập kết về bảo quản tại kho chứa vật liệu nổ theo đúng quy định trước 11 giờ ngày 17/6/2016. Công ty có trách nhiệm bảo vệ mỏ và các khu vực diện tích đất đã được giao, tránh tình trạng diễn ra khai thác vàng trái phép làm mất an ninh trật tự, thất thoát tài nguyên, ô nhiễm môi trường; khẩn trương đưa công nhân ra khỏi nhà máy, hầm lò, duy trì đội ngũ quản lý, bảo dưỡng máy móc, thiết bị, bảo vệ khu vực mỏ một cách hợp lý và có báo cáo với chính quyền địa phương...
Đến giữa tháng 6/2016, khoản nợ thuế và tiền phạt chậm nộp của Công ty vàng Bồng Miêu đã lên đến hàng trăm tỷ đồng. Công ty đã bị Cục thuế tỉnh Quảng Nam phong tỏa tài khoản, vô hiệu hóa đơn 2 năm nay. Tuy nhiên, công ty này vẫn chây ỳ không chịu trả nợ. Đặc biệt, công ty còn có thái độ coi thường các văn bản chỉ đạo của UBND tỉnh Quảng Nam cũng như của Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam.
Theo lãnh đạo huyện Phú Ninh (tỉnh Quảng Nam) nơi có mỏ vàng Bồng Miêu, tính trung bình khoảng 40 triệu đồng/tấn quặng vàng thì mỗi ngày huyện thất thoát hàng tỷ đồng khi Công ty vàng Bồng Miêu vẫn duy trì hơn 160 người làm việc thường xuyên, khai thác khoảng 150 tấn quặng vàng/ngày. Huyện đã nhiều lần gửi công văn tới Bộ Tài nguyên và Môi trường, UBND tỉnh Quảng Nam đề nghị không gia hạn giấy phép cho công ty này. Lãnh đạo huyện cho biết, Công ty vàng Bồng Miêu không mang lại lợi ích cho địa phương, thậm chí còn gây ô nhiễm môi trường, ảnh hưởng đến tình hình trật tự trị an tại khu vực này.