Theo Công an Thành phố Hồ Chí Minh, quá trình công tác, ông Nam bị kỷ luật do vi phạm nguyên tắc tổ chức và hoạt động của Đảng, vi phạm thẩm quyền, nguyên tắc, quy trình công tác tổ chức cán bộ; thiếu trách nhiệm, buông lỏng lãnh đạo, quản lý, vi phạm quy định của Đảng, pháp luật của Nhà nước, của ngành công an trong công tác đấu tranh phòng chống tội phạm; thiếu kiểm tra, giám sát để xảy ra nhiều vi phạm pháp luật.
Những vi phạm của ông Nam rất nghiêm trọng dẫn đến một số cán bộ, đảng viên bị kỷ luật, đình chỉ công tác, gây dư luận bức xúc trong xã hội, làm ảnh hưởng xấu đến uy tín của Đảng, của ngành Công an.
Từ những vi phạm trên, tháng 10/2022, Ban Thường vụ Đảng ủy Công an Thành phố Hồ Chí Minh đã kỷ luật bằng hình thức cách chức tất cả các chức vụ trong Đảng nhiệm kỳ 2015 - 2020 và nhiệm kỳ 2020 - 2025 đối với ông Nam - khi đó là Đại tá, Trưởng phòng Xây dựng phong trào bảo vệ an ninh Tổ quốc Công an Thành phố Hồ Chí Minh.
Trước đó, năm 2017, ông Nguyễn Đăng Nam là Thượng tá được điều động nhận nhiệm vụ Trưởng Phòng Cảnh sát hình sự, Công an Thành phố Hồ Chí Minh và được nâng quân hàm Đại tá 2 năm sau đó. Đến tháng 1/2022, ông Nam được điều động làm Trưởng phòng Xâу dựng phong trào bảo ᴠệ an ninh Tổ quốᴄ cho đến khi bị kỷ luật.