Đó là: Khu vực hoạt động số 1 - khu vực hang Luồn có diện tích 5,23ha; Khu vực hoạt động số 2 - khu vực Cửa Vạn, diện tích 29,56ha; Khu vực hoạt động 3 - khu vực hồ Động Tiên - hang Trinh Nữ, diện tích 32,55ha và Khu vực hoạt động 4 - khu vực Cống Đỏ, diện tích 62,36ha.