Theo phân loại của tổ chức y tế thế giới, Việt Nam nằm trong số các quốc gia lưu hành dịch của Viêm não Nhật Bản. Do đó, cần đưa vắc xin phòng ngừa Viêm não Nhật Bản vào chương trình tiêm chủng quốc gia và duy trì tỷ lệ chủng ngừa cao. Đồng thời, nếu có thể, nên thay thế vắc xin nuôi cấy trên não chuột bằng các thế hệ mới hơn. Các vắc xin thế hệ mới được tổ chức y tế thế giới khuyến cáo gồm có: vắc xin bất hoạt nuôi cấy trên tế bào Vero; vắc xin sống, giảm độc lực; vắc xin sống, giảm độc lực, tái tổ hợp…
Hiện nay, theo khuyến cáo của tổ chức y tế thế giới, viêm não Nhật Bản chưa có điều trị đặc hiệu nhưng có thể phòng ngừa. Trong đó, tiêm vắc xin Viêm não Nhật Bản là chiến lược quan trọng, hiệu quả nhất để phòng bệnh, cũng là biện pháp có chỉ số chi phí/hiệu quả tốt nhất.