Trước tình hình COVID-19 đang de dọa các các đội bóng cũng như giải đấu, sáng 17/2, ban tổ chức đã triệu tập cuộc họp khẩn cấp với lãnh đạo các đội bóng để thông báo sáng kiến của AFF nhằm đưa giải đến đích cũng như giúp các đội bóng đủ người để đá.
Theo đó, mỗi đội được phép thay thế tối đa 10 cầu thủ trong trường hợp có cầu thủ dính COVID-19 theo công thức 1 - 1. Chẳng hạn, nếu đội A có 3 cầu thủ xét nghiệm dương tính với COVID-19 thì được thay thế bằng 3 cầu thủ khác. Những cầu thủ chấn thương không được thay thế. Những cầu thủ đã thay thế không được đăng ký thi đấu trở lại. Nguồn cầu thủ để thay thế có thể là từ danh sách sơ bộ 35 cầu thủ đã đăng ký với ban tổ chức trước đó hoặc những cầu thủ khác miễn đảm bảo đúng tiêu chuẩn đăng ký.
Những cầu thủ được đăng ký thay thế phải thông báo với ban tổ chức ít nhất 12 tiếng trước trận đấu sắp diễn ra. Các đội bóng có thể thay thế bất cứ thời điểm nào của giải đấu.
Trước đó, U23 Myanmar buộc phải bỏ giải sau khi phát hiện nhiều cầu thủ dương tính với COVID-19 dù đã sang Campuchia chuẩn bị cả tuần lễ. U23 Singapore cũng đối mặt với tình cảnh tương tự khi nhiều cầu thủ dính COVID-19. Đội bóng này chỉ còn 17 cầu thủ để đăng ký thi đấu trong trận gặp U23 Thái Lan vừa qua.
Về lịch thi đấu của bảng B, do bảng đấu này chỉ còn lại 2 đội gồm U23 Malaysia và U23 Lào. Theo cách sắp xếp lịch điều chỉnh vừa qua, 2 đội này sẽ chỉ đá một trận. Tuy vậy, với mục đích đảm bảo mỗi đội được thi đấu ít nhất 2 trận nhằm tạo cơ hội cọ xát cho các cầu thủ để hướng đến SEA Games, ban tổ chức đã quyết định tiếp tục có sự điều chỉnh. Theo đó, trận đấu giữa U23 Malaysia và U23 Lào sẽ đá theo thể thức lượt đi và về. Trận lượt đi sẽ đá vào lúc 16 giờ ngày 18/2 trên sân Hoàng tử (Prince Stadium) trong khi trận lượt về sẽ diễn ra vào lúc 19 giờ ngày 21/2 trên sân Morodok.
Nếu hai đội hòa nhau sau 2 lượt trận, U23 Malaysia và U23 Lào sẽ đá hiệp phụ. Nếu vẫn bất phân thắng bại trong 2 hiệp phụ thì 2 đội sẽ bước vào loạt luân lưu để xác định đội nhất bảng B.
Cũng theo quyết định của AFF, đội đứng nhì bảng B sẽ không được quyền tham gia để xem xét đội nhì có thành tích tốt nhất. Việc xác định đội đứng nhì có thành tích tốt nhất để giành vé vào bán kết còn lại chỉ xảy ra giữa 2 đội đứng nhì của bảng A và C.
Theo đó, lần thứ 3 ban tổ chức có điều chỉnh lịch thi đấu Giải U23 Đông Nam Á 2022 (cập nhật đến 17/2):