Ngành Y tế Thủ đô bố trí nhân lực, phương tiện, thuốc, trang thiết bị y tế để thực hiện chăm sóc y tế đối với đại biểu, khách mời; bố trí các Tổ y tế để xử trí các trường hợp cấp cứu và điều trị kịp thời đối với các đại biểu tham dự hội nghị trong trường hợp bị ốm, chấn thương, tai nạn; chuẩn bị sẵn các đội cấp cứu lưu động, dự phòng để đáp ứng cấp cứu khẩn cấp các tình huống thảm họa, khủng bố.
Sở Y tế giao Trung tâm Kiểm soát bệnh tật thành phố là đơn vị thường trực công tác phòng, chống dịch bệnh; tổ chức kiểm tra, giám sát, hỗ trợ và báo cáo tình hình dịch bệnh trong thời gian tổ chức hội nghị; kiểm tra, giám sát chất lượng nguồn nước tại các địa điểm khách sạn tổ chức hội nghị và nơi lưu trú của đại biểu. Trung tâm Y tế các quận Nam Từ Liêm, Ba Đình, Cầu Giấy phối hợp với Trung tâm Kiểm soát bệnh tật thành phố tổ chức giám sát dịch chặt chẽ và chủ động phát hiện các ổ dịch tại địa phương để xử lý và khống chế dịch hiệu quả trong thời gian tổ chức hội nghị…
Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm Hà Nội kiểm tra công tác an toàn thực phẩm từ khâu thu mua nguyên liệu ban đầu đến quá trình vận chuyển, bảo quản, chế biến và sử dụng thực phẩm; đẩy mạnh các hoạt động đảm bảo an toàn thực phẩm tại các khách sạn, địa điểm tổ chức hội nghị và nơi lưu trú của đại biểu; yêu cầu khách sạn và địa điểm tổ chức hội nghị phải cam kết thực hiện nghiêm túc các quy định về vệ sinh an toàn thực phẩm. Chi cục bố trí 1 tổ kiểm tra, giám sát công tác vệ sinh an toàn thực phẩm thường trực tại Trung tâm Hội nghị Quốc gia và các khách sạn đại biểu lưu trú; đồng thời, sẵn sàng xử trí khi xảy ra ngộ độc thực phẩm hàng loạt và các bệnh lây truyền qua thực phẩm.
Các bệnh viện Xanh Pôn, Đống Đa, Thanh Nhàn, Đa khoa Y học cổ truyền Hà Nội, mỗi bệnh viện bố trí 1 tổ cấp cứu với đầy đủ nhân lực, phương tiện, thuốc, trang thiết bị cần thiết, thường trực 24/24 giờ tại các địa điểm theo phân công từ ngày 14 - 18/9 để đảm bảo công tác cấp cứu, khám chữa bệnh.
Trung tâm Cấp cứu 115 bố trí 2 tổ cấp cứu thường trực tại cơ quan sẵn sàng cấp cứu tại Sân bay quốc tế Nội Bài trong thời gian đón và tiễn các đoàn tham dự.