Tuy nhiên, trên thực tế, công tác này còn hạn chế, khó khăn như: Một số di tích chưa lập hồ sơ xếp hạng, nhất là các di tích gắn với các sự kiện lịch sử tiêu biểu của các thời kỳ cách mạng, kháng chiến của tỉnh. Việc khoanh vùng một số di tích để xác định khu vực bảo vệ I cần bảo vệ nguyên trạng. Việc khai thác giá trị của di tích phục vụ tuyên truyền, quảng bá du lịch chưa được quan tâm đúng mức...
Để tăng cường thực hiện việc bảo tồn và phát huy giá trị của các di tích, Ban Thường vụ Tỉnh ủy Khánh Hòa đã ban hành Chỉ thị số 21-CT/TU yêu cầu các cơ quan chức năng, địa phương trong tỉnh khẩn trương hoàn thành việc lập hồ sơ xếp hạng, cắm mốc di tích, bia di tích theo đúng quy định pháp luật.
Trước mắt, các cơ quan chức năng, địa phương tiến hành lập hồ sơ xếp hạng, cắm mốc xác định vị trí khu vực bảo vệ I đối với các di tích là căn cứ Cách mạng của Tỉnh ủy trong hai cuộc kháng chiến chưa xếp hạng, bao gồm Căn cứ Đồng Bò (Nha Trang), Đồng Trăn (huyện Diên Khánh), Hòn Hèo, Đá Bàn (thị xã Ninh Hòa). Hồ sơ xác định rõ khu vực bảo vệ I, các kiến trúc, hiện vật cần bảo tồn nguyên trạng hoặc phục dựng lại; đảm bảo giá trị lịch sử, văn hóa của di tích.
Bên cạnh đó, tỉnh có kế hoạch tu bổ, tôn tạo các di tích, nhất là các di tích đã xuống cấp; thường xuyên tu bổ, tôn tạo các di tích tích là căn cứ cách mạng của Tỉnh ủy đã được xếp hạng, như Hòn Dù, Hòn Dữ (huyện Khánh Vĩnh), Tô Hạp (huyện Khánh Sơn); nghiên cứu nâng cấp và đầu tư hoàn chỉnh một số di tích có điều kiện gắn với phát triển du lịch như Căn cứ cách mạng Đồng Bò (Nha Trang), Địa điểm lưu niệm Tàu C235 (đường Hồ Chí Minh trên biển) thuộc địa bàn xã Ninh Vân, thị xã Ninh Hòa, đã được Bộ Văn hóa - Thể thao và Du lịch công nhận Di tích lịch sử cấp quốc gia, Khu Di tích mộ bác sĩ Alexandre Yersin (xã Suối Cát, huyện Cam Lâm).
Trong công tác này, tỉnh khuyến khích xã hội hóa việc bảo tồn, phát huy giá trị của di tích; thu hút đầu tư xây dựng các dự án du lịch gắn với các khu di tích; các tuyến, điểm du lịch kết nối với các di tích. Việc đầu tư, nâng cấp di tích đảm bảo hài hòa các mục tiêu, đúng quy định pháp luật; giữ gìn, tôn tạo cảnh quan di tích; phát triển du lịch; nâng cao đời sống của người dân; tuyên truyền, giáo dục lịch sử, truyền thống văn hóa; bảo vệ an ninh - quốc phòng.
Cùng với việc đầu tư tôn tạo, bảo tồn các di tích, tỉnh Khánh Hòa đẩy mạnh công tác tuyên truyền, giáo dục cho cán bộ, đảng viên và nhân dân, nhất là thế hệ trẻ về giá trị của các di tích, nhất là ý nghĩa, vai trò của các di tích gắn với các sự kiện lịch sử tiêu biểu của các thời kỳ cách mạng, kháng chiến của tỉnh; về sự cần thiết phải bảo tồn, phát huy giá trị của các di tích... với các hình thức như dã ngoại về nguồn, xây dựng tài liệu tuyên truyền, phóng sự, thi tìm hiểu lịch sử...
Tỉnh ủy Khánh Hòa lưu ý chính quyền các địa phương có chính sách nâng cao đời sống của người dân trong vùng di tích gắn với các sự kiện lịch sử tiêu biểu của các thời kỳ cách mạng, kháng chiến của tỉnh; tuyên truyền, huy động nhân dân tham gia bảo tồn và phát huy giá trị của di tích. Các địa phương quan tâm hỗ trợ kinh phí tu bổ, bảo vệ các di tích và hiện vật gắn với di tích đang nằm trong khuôn viên đất, nhà ở của người dân (hầm bí mật); đồng thời, chăm lo đời sống vật chất, tinh thần cho các gia đình cơ sở cách mạng, nhất là những dịp lễ, tết.
Ông Nguyễn Tấn Tuân, Phó Bí thư Tỉnh ủy, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Khánh Hòa cho biết: Thực hiện Chỉ thị 21-CT/TU của Ban Thường vụ Tỉnh ủy Khánh Hòa, chính quyền địa phương sẽ tiến hành rà soát, kiểm tra hiện trạng các di tích, nhất là di tích gắn với các sự kiện lịch sử tiêu biểu của các thời kỳ cách mạng, kháng chiến để có kế hoạch trùng tu, tôn tạo, bảo vệ và phát huy giá trị của các di tích.
Gần đây, Khánh Hòa đã có một số chương trình, dự án tu bổ, tôn tạo các di tích lịch sử, văn hóa trên địa bàn trong giai đoạn 2021 - 2025, trong đó có các di tích lịch sử gắn liền với các thời kỳ Cách mạng, như: Căn cứ cách mạng Hòn Dữ, Di tích lịch sử cách mạng trụ sở UBND cách mạng lâm thời huyện Ba Ngòi...
Tỉnh đang triển khai tôn tạo di tích Thành cổ Diên Khánh với tổng kinh phí ước tính hơn 100 tỷ đồng. Đây là công trình do nhà Nguyễn xây dựng năm 1793, thời gian dài là trung tâm hành chính, kinh tế, văn hóa của tỉnh Khánh Hòa (1802-1945) và cũng là tổng hành dinh của Nghĩa quân Cần Vương tại Khánh Hòa trong những ngày đầu khánh chiến chống Pháp.