Nghị định trên quy định đối với mỗi hành vi vi phạm hành chính trong hoạt động khoa học và công nghệ, chuyển giao công nghệ, cá nhân, tổ chức phải chịu một trong các hình thức xử phạt chính là cảnh cáo hoặc phạt tiền.
Mức phạt tiền tối đa trong hoạt động khoa học và công nghệ, chuyển giao công nghệ đối với cá nhân là 50 triệu đồng, đối với tổ chức là 100 triệu đồng.
Tùy theo tính chất, mức độ vi phạm, cá nhân, tổ chức có hành vi vi phạm còn có thể bị áp dụng một hoặc nhiều hình thức xử phạt bổ sung sau: Tước quyền sử dụng có thời hạn từ 1 đến 3 tháng: Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động khoa học và công nghệ, Giấy chứng nhận hoạt động văn phòng đại diện, chi nhánh, Giấy phép chuyển giao công nghệ, Giấy chứng nhận đăng ký chuyển giao công nghệ, Giấy chứng nhận đăng ký gia hạn, sửa đổi, bổ sung nội dung chuyển giao công nghệ, Giấy chứng nhận đủ điều kiện hoạt động dịch vụ đánh giá, giám định công nghệ. Ngoài ra còn hình thức phạt tịch thu tang vật, phương tiện vi phạm hành chính.
Ngoài các biện pháp khắc phục hậu quả như trên, tổ chức, cá nhân vi phạm hành chính có thể bị áp dụng một hoặc nhiều biện pháp khắc phục hậu quả sau: Buộc cải chính thông tin sai sự thật; Buộc nộp lại số lợi bất hợp pháp có được do thực hiện hành vi vi phạm; Buộc hủy bỏ hồ sơ, tài liệu có số liệu, nội dung sai sự thật; Buộc hủy bỏ báo cáo sai sự thật về tiến độ, nội dung, kết quả nghiên cứu; Buộc hoàn trả số tiền đã chiếm dụng bất hợp pháp;
Buộc nộp lại số tiền đã sử dụng sai mục đích, sử dụng trùng lặp; Buộc nộp lại số tiền không hoàn trả đúng hạn; Buộc đưa ra khỏi lãnh thổ nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam hoặc buộc tái xuất hàng hóa, vật phẩm, trang thiết bị, phương tiện; Buộc hủy bỏ kết quả công nhận giải thưởng; Buộc phân chia đúng tỷ lệ phân chia lợi nhuận thu được từ thương mại hóa kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ.
Nghị định quy định, phạt tiền từ 500 nghìn đồng đến 1 triệu đồng đối với thành viên hội đồng khoa học và công nghệ công bố, cung cấp thông tin liên quan đến quá trình đánh giá, nhận xét và kết quả tư vấn khi chưa được sự cho phép của cơ quan quyết định thành lập hội đồng; phạt tiền từ 2 triệu đồng đến 4 triệu đồng đối với hành vi không đăng ký kết quả thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ sử dụng ngân sách nhà nước theo quy định tại cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Đối với những vi phạm về sở hữu, sử dụng kết quả hoạt động khoa học và công nghệ, Nghị định quy định phạt tiền từ 6 triệu đồng đến 10 triệu đồng đối với một trong các hành vi sau: Không báo cáo đại diện chủ sở hữu nhà nước về kết quả khai thác, chuyển giao hoặc chuyển nhượng quyền sở hữu, quyền sử dụng kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ; không thông báo với đại diện chủ sở hữu nhà nước khi không còn khả năng khai thác quyền sử dụng kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ; không thực hiện đúng quyết định giao quyền của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Phạt tiền từ 10 triệu đồng đến 14 triệu đồng đối với một trong các hành vi sau: Sử dụng, công bố số liệu, quy trình công nghệ, thông tin liên quan đến kết quả hoạt động khoa học và công nghệ thuộc quyền sở hữu của cá nhân, tổ chức khác để hoàn thiện, phát triển công nghệ nhằm thương mại hóa, đăng ký bảo hộ quyền sở hữu trí tuệ mà chưa được sự đồng ý của cá nhân, tổ chức đó; Đăng ký, công bố công trình nghiên cứu khoa học của cá nhân, tổ chức khác mà chưa được sự đồng ý của cá nhân, tổ chức đó; Sử dụng sáng kiến, cải tiến kỹ thuật, hợp lý hóa quy trình công nghệ hoặc kết quả nghiên cứu của cá nhân, tổ chức khác để đăng ký tham dự triển lãm, cuộc thi, giải thưởng về khoa học và công nghệ mà chưa được sự đồng ý của cá nhân, tổ chức đó.